从安史之乱爆发，西域逐步脱离中原王朝管辖，到乾隆平底大小和卓，完全确立对新疆的稳固统治，时间足足过去了千余年。

千年时光里，新疆可谓几度“变幻大王旗”。

脱离大唐统辖的西域

唐朝建立后，对西域就不断开始用兵，尤其是以唐太宗李世民时期，以及唐高宗李治时期最为频繁。

靠着大唐儿郎的奋战，盘踞西域吐谷浑、高昌等势力逐一被灭，而大唐也在此设立安西都护府，统安西四镇（即龟兹、疏勒、于阗、碎叶）。

此外，唐高宗时期，唐军对西突厥发动远征，并最终将其平定。

这么一来，原西突厥的领土全部为唐所有，而唐朝在西域的统辖范围也得以扩大，囊括了如今新疆的大部分区域。

但与此同时，吐蕃也在不断崛起。

吐蕃的历史很悠久，而到了**干布时期，吐蕃已然成为一个庞然大物，而其实力一强，就开始觊觎西域。

在此期间，吐蕃多次出兵西域，与大唐展开了激烈的争夺，甚至一度占领了安西四镇。

不过，当时大唐正值全盛时期，因此最终还是击败了吐蕃，继而继续统辖西域，但随着安史之乱的爆发，形势开始转变。

公元755年，安史之乱爆发，为了平叛，大唐将西北边兵进行了大量抽调，导致边镇出现防务空虚。

见此形势，吐蕃果断出兵，迅速占据了陇右、河西等地。

此后，吐蕃不断进兵，将原本属于唐朝统辖的西域，一点点蚕食占据，到了公元790年前后，包括北廷都护府，以及安西都护府，已经被吐蕃完全占据。

所以在此期间，西域的大部分区域，是由吐蕃控制的。

数个政权共存的西域

吐蕃控制西域一段时间后，伴随着其国力的衰弱，西域也再次燃起战火，此时，与吐蕃大打出手的则为回鹘。

回鹘原名回纥，是如今维吾尔族的祖先。

回鹘与其他游牧民族不同，其在建立汗国后，就一直保持了与大唐的良好关系，甚至在安史之乱中，还曾出兵帮助大唐平叛。

但在公元840年，回鹘汗国陷入内乱，最终分崩离析，而其政权被灭后，回鹘贵族便开始往不同方向迁徙。

其中一支，迁徙到了原唐安西都护府境内，并在这里击败吐蕃军，自此开始定居。

这支回鹘贵族，便是西州回鹘，他们的定居地点为高昌之地，即今天的新疆焉耆城（今新疆维吾尔自治区焉耆县），同时统辖着如今新疆的东部大部地区。

随后，西州回鹘不断攻伐吐蕃，伴随着一场又一场的胜利，西州回鹘先后占据了轮台（今乌鲁木齐）、清镇（今新疆玛纳斯县），另外还占据了西州、伊州，最终将政权中心转移至高昌（今新疆维吾尔自治区吐鲁番市高昌区附近）。

所以，这个政权也被叫做高昌回鹘政权。

不过，西州回鹘所建立的高昌政权，仅仅是统治了西域的一小部分区域，而当时西域的广袤土地上，还存在有多个不同政权。

其中比较主要的，有同样是回鹘贵族建立的喀喇汗王朝，其当时的势力范围，就包括新疆天山以南的部分区域。

另外还有于阗国，其君主国姓为尉迟，最鼎盛时期，其控制了包括今和田、墨玉、于田等多个县市。

这还是两个较为主要的政权，剩余还有大约三十个左右的大小政权，比如精绝、车师、黑汗王朝等等，则占据了如今新疆的各地。

这些政权，之间也发生过互相攻伐，总之就是，在唐朝后期，一直到辽国覆灭前夕，西域都是处在多个政权共存的局势下。

而这一共存，就到了辽朝覆灭之际，此时，西域的形势又为之一变。

在西辽统治下的西域

公元1124年，辽朝末代皇帝天祚帝不听耶律大石的劝告，坚持要出兵与金国决战，而看到天祚帝如此固执，耶律大石在失望之余，选择出走。

在耶律大石离开不久，天祚帝果然兵败，辽朝自此灭亡。

而耶律大石出走后，纠集十八部之众建立政权，试图谋求复国，在前期确实取得了一些胜利，同时，其也尽可能的发展自身。

但奈何金国过于强大，耶律大石一番思虑之后，认为当下并非与之抗衡的最好时机，所以，开始往西发展。

最终，耶律大石于公元1131年，在占据了原高昌回鹘和黑汗国的旧地之后，正式登基称帝，建立西辽。

而在称帝之后，耶律大石随即开始了对外扩张，经过数年征伐，先后吞并了高昌回鹘王国、东、西喀喇汗王朝。

这么一来，西辽的疆域变得极为广阔，不仅是天山南北皆在其掌控之内，甚至一度跨过帕米尔高原至阿姆河西岸。

正是因为耶律大石的不断西向扩张，使得其在欧洲的影响力也相当巨大，比如阿拉伯语、拉丁语等语种中的中国发音，就近似于“契丹”，而这些都是受到了耶律大石的影响。

所以在西辽存在期间，西域只不过是其领土的一部分。

蒙元时期的西域

公元1206年，成吉思汗建立蒙古汗国，建国不久之后，成吉思汗就马不停蹄的开启了征讨西辽的军事行动。

先是在1208年至1211年之间，成吉思汗派大将降服了原西辽的属国畏兀儿和哈刺鲁，二者的疆域范围，前者在如今的新疆吉木萨尔一带，后者则是在新疆霍城附近。

随后，西辽发生内乱，权臣屈出律成为西辽实际统治者，趁此机会，成吉思汗再次派兵对其征伐。

最终，在1218年，蒙古大军将屈出律擒杀，并攻入西辽都城，自此，西辽宣告灭亡，而其疆域，也尽归蒙古所有。

因此，新疆在这个阶段，是归蒙古统辖。

不久之后，成吉思汗将原西辽的大部分旧地，分封给了他的次子察哈台，而察哈台也借此机会建立了蒙古四大汗国之一的察哈台汗国。

但到了14世纪初期，察哈台汗国内部出现严重问题，因此也就分裂为东、西两部。

其中，西察哈台汗国的统辖区域在如今的帕米尔高原以西地区，而东察哈台汗国，则统辖着如今新疆的绝大部分地区。

明朝时期的西域

元末明初时期，西域绝大部分地区，依旧掌控在东察哈台汗国手里，并且在明朝建立后，东察哈台汗国还主动遣派使者向大明进行朝贡。

在这种情况下，明廷对于西域地区的管辖，整体上实施的则是羁縻控制，

当然，明朝对于西域，也采取了一定的军事威慑，比如朱元璋在位时期，就曾先后设立安定卫（今甘肃张掖甘定区西南）以及罕东卫（今甘肃敦煌一带）。

之所以设立这两个卫所，目的就是为了形成对今新疆哈密地区的战略包围。

也得益于这种战略包围和军事威慑，到了明成祖朱棣时期，也就是永乐四年，最终在如今的新疆哈密市设立哈密卫。

至此一直到明朝中叶，新疆地区则是由明朝和东察哈台汗国交叉统辖。

但到了1472年（明成化年间）前后，随着明朝国势逐渐衰落，因此对于西域也失去了相应的控制力，而哈密卫也一度易手。

时间转到明朝嘉靖年间时，东察哈台汗国发生内乱，当时的大汗满速尔，和其三弟萨亦德产生了激烈的权力争夺，最终，萨亦德占据了天山南麓各城，并建立叶尔羌汗国。

叶尔羌汗国建立之后，同样也开始大规模的攻城掠地，到了1570年（此时为明穆宗时期），吐鲁番、哈密等地区已皆被其占据。

到了这个时候，如今新疆的大部分地区，都归了叶尔羌汗国。

清朝前期的西域

清朝入关前后，在蒙古草原上，有一个部族也在逐渐崛起，这个部族，就是让清朝三代统治者头疼的宿敌准噶尔。

而伴随着准噶尔的崛起，一个庞大的游牧帝国也随之建立，这便是准噶尔汗国。

准噶尔汗国曾与叶尔羌汗国爆发过多场战争，因此也占据了原叶尔羌汗国的大量疆域，到了公元1745年前后，准噶尔汗国达到了疆域巅峰期。

当时其疆域，一度囊括了如今的新疆、青海，乃至蒙古高原西部以及西藏。

而从清朝的康熙时代开始，清朝就和准噶尔汗国摩擦不断，期间虽说取得了不少胜利，甚至一度迫使准噶尔汗国的建立者噶尔丹自尽，但并未彻底消灭准噶尔。

甚至在雍正时期，清朝还遭受了前所未有的大败。

一直到乾隆登基之后，经过了数年的准备和商议，决定彻底消灭准噶尔，最终，在公元1757年，准噶尔汗国彻底被灭。

自此，西域正式被更名为“新疆”，之所以起这个名字，乃是乾隆取“故土新归”之意。

两年后，也就是1759年，乾隆又再接再厉，平定了天山以南的大小和卓反叛，从此，清朝便确立了对新疆的稳固统治。

上述便是自安史之乱后，曾经的西域，也就是如今的新疆地区，其地方上的政权变化情况，幸运的是，历经千余年，新疆最终还是回归了祖国的怀抱。

自安史之乱（755年爆发）后大唐逐渐退出西域，到清乾隆平定准噶尔叛乱（1755年），正好千年。

与中原地区一样，新疆地区在这1000年中也经历战争和平，改朝换代。

吐蕃的统治

早在大唐强盛时，吐蕃就与大唐在西域展开了激烈的竞争。

安史之乱爆发后，大唐西北边兵悉数内调，边镇空虚，吐蕃趁机加强攻势。

吐蕃乘势攻占了陇右、河西两道，又于763年攻陷了伊州，790年攻占庭州，不久又攻占了西州，大唐北庭都护府全部被吐蕃所攻占。

此后，吐蕃又转兵安西都护府地区，连占疏勒、焉耆等镇，并在809年攻占龟兹，完成了对安西都护府全部地域的占领。

此时的大唐，连长安都曾被人家占领过，所以，做好“防秋”，保住长安周边安全就不错了，实在无力再争夺西域。

821年，大唐与吐蕃休战，唐朝承认了吐蕃在西域的势力范围。

吐蕃模仿大唐的制度，吐蕃在于阗设立北面节度使，在凉州设立东面节度使，统治西域地区。

吐蕃攻占西域，固然使大唐退出了西域，但对历史仍有积极的影响。

当时，大食（阿拉伯）仍处于扩张期，大唐实力衰落后，吐蕃填补了这一真空，延续大唐的治理方式，维持了西域的政治、经济秩序，遏制了阿拉伯人东进的威胁。

回鹘人的统治

不久，吐蕃人也陷入了内乱，衰落。

回鹘人的部落联盟逐步接管了西域。

840年，回鹘汗国灭亡于叛乱。

回鹘人开始迁徙，一部分人迁徙到中亚楚河和七河流域，建立了喀喇汗王朝，一部分迁徙到吐鲁番地区，建立了西州回鹘，后又建立了高昌回鹘政权。

回鹘，此前叫回纥，是今天维吾尔人的祖先。

此前，他们一直接受大唐的册封，甚至在安史之乱时派兵帮助大唐平定叛乱。

因此，他们对华夏一直有极强的认同感。

于阗国的统治者自称“唐之宗属”，到五代时仍然给后晋朝贡。

喀喇汗王朝，统治了今中亚及新疆天山以南各绿洲。

不过，喀喇汗王朝的统治者一直自称“中国的汗”。《突厥语大词典》作者也自称“秦人”。

西辽

金灭辽后，契丹贵族耶律大石图谋复国。

在复辽企图失败后，耶律大石被迫向西发展。

不久，耶律大石逐渐征服了西州回鹘政权、喀喇汗王朝等，统治了西域大部分地区，建立了西辽政权。

早在辽帝国时期，契丹贵族汉化程度就已经极高，因此，西辽基本沿用了中原的制度、文化。

许多地方将“契丹”当作中国的名称，正是有西辽的影响。

西辽在新疆和中亚统治了88年，直到蒙古人的到来。

元朝的统治

蒙古人崛起后，横扫亚欧大陆，西辽、花剌子模皆被其所征服。

蒙古汗国在新疆建立了“达鲁花赤”、“别失八里”等军政机构。

阿里不哥与忽必烈争位期间，该地区的军政势力支持阿里不哥。

元朝建立后，忽必烈为了抵抗海都等反叛势力及解决驻军后勤问题，在和田、且末、哈密等地屯兵。

认为唐退出西域到清平定准噶尔这1000年间中原王朝退出西域的说法显然是错误的，元代大部分时期，新疆大部分地区为元代所统治。

察合台时期

元朝后期，朝廷实力衰落，天山南北的实际控制权落入成吉思汗二子所建的察合台汗国手中。

1347年，察合台汗国分裂了东西两部，西部统治区主要在今中亚地区，东部（东察合台汗国）则统治天山南北。

明朝建立后，汗国统治者曾自称藩臣，朝贡。

1406年，明设“哈密卫”，以统辖天山南北。

不过，成化年间，随着大明的衰落，“哈密卫“逐渐为东察合台所控制。

1514年，另一支蒙古人后裔攻占喀什噶尔、和田、叶尔羌等地，建立叶尔羌汗国，逐步扩张到天山北麓。

这段时间，无论是汗国还是其下的地区，都与中原王朝在相当时间内保持朝贡关系。

准噶尔汗国时期

明末清初，卫拉特蒙古中的准噶尔部崛起。

1678年，噶尔丹攻灭叶尔羌汗国，又出兵哈萨克，建立了庞大的准噶尔汗国。

巅峰时期的准噶尔汗国，准噶尔汗国统治了新疆、青海、蒙古高原西部甚至一度控制了西藏。

准噶尔汗国旋即与大清展开激烈竞争，历时百年。

最终，历经康熙、雍正、乾隆三代，大清平定了准噶尔。

此后，即便在百年国耻、丧权辱国期间，即便英俄日等列强虎视眈眈，用尽阴谋诡计，新疆永远是我国之一部分。

自安史之乱到清平准噶尔之间，1000年，其间大部分时间内，中原王朝对西域的统治力就很弱。

不过，我们回顾这段时间的历史会发现一个有趣的现像。

吐蕃虽强，但他的强大、统一，依赖大唐与西方联系的丝路，否则赞普无法保持对各地方实力的压制，政权会陷入分裂。

准噶尔汗国虽强，但他既有对清举兵相向的时候，也有对清称臣的时候。

其余各时期在西域的统治者，或以“中国的汗”、“秦人”自居（喀喇汗国、西辽），或与中原王朝保持时断时续的朝贡关系（东察合台、叶尔羌、帖木儿），本质上仍然是地方政权与中央朝廷的关系。

可见：尽管新疆在文化等方面与中原不同，但他与祖国早已天然一体，不可分割。

任何企图破坏新疆繁荣与稳定，破坏国家主权与领土的企图，都永远不可能实现！

安史之乱后，吐蕃帝国夺取河西、陇右，将西域和唐朝本土隔绝，历时四十余年侵攻，攻陷龟兹等安西四镇。从此，西域地区脱离中原王朝一千余年。

当安史之乱爆发后，唐朝调遣驻守西域安西、北庭两镇的精兵强将，入关平叛，而河西、陇右两镇精兵，则在灵宝大战中被葬送于潼关。战后，平叛功臣仆固怀恩联合回纥、吐蕃起兵谋反，吐蕃军乘虚而入，于公元765年，占领河西、陇右地区，将西域变成一块和唐朝本土隔绝的飞地。

原先臣属大唐的西突厥葛逻禄部，也趁机独立，占领巴尔喀什湖以南的河中地区。留守的唐朝孤军，苦苦抗争四十余年后，到公元807年，西域地区全部沦陷于吐蕃之手，自此脱离中原王朝版图整整一千余年。

——长河落日安西府，铁马戍边将军坟。西疆兵马何处寻？碎叶城头草青青！

公元841年，漠北草原新兴的黠戛斯人（吉尔吉斯人的先祖，自称是西汉李陵后裔）击败回鹘汗国，斩杀其十万精锐，焚毁其都城，回鹘部众四分五裂，星流云散。其南下中原的三十万部众被唐朝歼灭、收降，另外十五万回鹘人，分两路西迁西域，称为安西回鹘部和西州回鹘部。

公元850年，河西归义军大起义，吐蕃帝国解体崩溃，西域的于阗王国、安西回鹘部、西州回鹘部相继独立，后来，这两部回鹘合并，并融合当地的原住民吐火罗人，逐渐形成一个以佛教为国教的新国家，即高昌回鹘王国。

与此同时，还有一部分回鹘人攀越葱岭，到达河中地区，与葛逻禄人互相融合，建立了一个疆域包括中亚地区和西域西部的强大帝国，喀喇汗国（又称黑汗王朝）。在其第三任大汗萨图克·博格拉汗治下，改宗伊斯兰教，后来向西攻灭了波斯萨曼王朝，又历时40年战争，攻灭了信仰佛教的于阗王国，夺取南疆的和田地区，并长期与高昌回鹘王国相争。喀喇汗国后来衰落，分裂为东西两部，西喀喇汗国成为中亚地区新兴突厥化帝国、塞尔柱帝国的附庸。

12世纪初，辽国被女真金国灭亡后，其宗室将领耶律大石横绝大漠，西迁至西域，建立西辽帝国后，在卡特万草原会战大败塞尔柱帝国，东、西喀喇汗国，高昌回鹘王国都成为西辽帝国的附庸国，至此实现了中亚地区和西域的完全统一。

13世纪初，蒙古帝国兴起后，大举西征，灭亡西辽后，称高昌回鹘部为“畏兀尔人”，以铁木真次子察合台后裔统治西辽故地，包括整个西域和中亚东部地区，是为察合台汗国，又和元朝合兵攻灭中亚西部的窝阔台汗国。

14世纪初，察合台汗国以葱岭为界分裂，西汗国控制中亚地区，东汗国统治西域地区。东察合台汗国大汗，图古鲁克帖木儿率领属下改宗伊斯兰教，这也是西域地区彻底伊斯兰化的标志事件。

西察合台汗国则被突厥化蒙古酋长帖木儿篡位，建立了称霸中东和中亚的帖木儿汗国，并一度迫使东察合台汗国臣服，但只是昙花一现，骤兴骤灭。

15世纪中后期，东察合台汗国国势衰落，四分五裂，控制漠北草原的瓦剌人亦多次向西侵攻，夺取西域部分地区。中原的大明王朝也一度将势力推进到哈密地区，招抚当地部族首领，建立哈密卫，但终究不能长久坚持而放弃。

16世纪初，察合台汗国后裔赛依德，从中亚挥军东进，重新统一南疆，建立叶尔羌汗国。北疆地区则被瓦剌（卫拉特）各部蒙古人占据。

17世纪中叶，卫拉特蒙古的一支准噶尔人，建立准噶尔汗国，向南吞灭叶尔羌汗国，向西驱逐哈萨克人夺取中亚地区，向东一度征服漠北蒙古，向南曾攀越雪岭，奇袭拉萨，征服西藏。

清帝国康熙、雍正、乾隆三代英主历时百年战争，方于18世纪将其攻灭，并屠灭其族。乾隆帝将这片和中原王朝脱离千年的辽阔疆土，重新命名为“新疆”。

从中唐时期到乾隆时期，时间上是766年到1799年，在此期间新疆统称西域。西域面积非常大，还包括中亚很大一部分。简单列一下。

1.唐初，唐朝军队在消灭北方回纥、突厥势力后，将西域纳入版图，西域各国均臣服唐朝政府，而后设立都护府，对西域进行有效管辖。自此新疆地区成为唐朝的一部分。

2.安史之乱后，唐朝无力控制西域，西域再次出现半独立政权。比如高昌，于阗，喀喇汗王朝。西域一部分地区还被吐蕃统治。

3.五代时期，社会混乱，位于中原各政府无力管辖西域，西域各国自治。

4.北宋时期，部分西域国家向宋朝称臣，但都是名义上的。估计是唐朝遗风。

5.南宋时期，辽国被灭，耶律大石统一西域，在西域建立西辽，进行统治。

6.大元时期，蒙古成吉思汗灭西辽，把次子察哈台征服的西域地区分封给他，建立四大汗国之一的察哈台汗国。

7.大明时期，察合台汗国演变为叶尔羌汗国，后由漠西蒙古人统治，明朝时期，西域可以看做是在中央政权管辖的少数民族高度自治。

8.大清时期，乾隆朝相继收复准格尔部，平定大小和卓叛乱，并迎回东归的漠西蒙古土尔扈特部，此后直至清末，一直对新疆进行着稳定的统治。但随着清朝实力的衰落与西方列强的兴起，最终丢失了大片领土，一度全疆陷落于中亚的浩罕王国。多亏左宗棠率领湘军收复新疆，故土新归，并于1884年设立新疆省，

只能说没有固定的统治者。

自唐朝中后期中原政权退出新疆，直到清朝乾隆时期完成“故土新归”，在近千年的历史中，西域地区曾几易其手，压根就没有长期且稳定的政权。

唐朝安西都护府陷落

公元755年年底，盛世中的大唐突发爆发了安史之乱，这次大乱让所有人始料未及，前前后后持续时间长达八年，致使唐朝国力锐减。这件事也成为了大唐由盛转衰的开始，进而间接影响了西域近千年的历史。

安史之乱爆发后，唐朝为了平叛，不得不调集边防部队，这其中就包括了西域地区的大唐守军。在战争最激烈的时候，大唐还从西域各属国征发了不少军队，明确见于史料记载的就有于阗王尉迟胜率领的于阗国士兵。

大量边军内调，对于平定安史之乱起到了重要作用，但却造成了大唐在西域地区的力量严重不足。

面对这一天赐良机，吐蕃趁势出击，迅速攻下了河西、陇右地区，断绝了大唐和安西都护府的联系，随后，吐蕃开始慢慢的蚕食西域。公元790年，吐蕃联手葛逻禄人攻陷了北廷都护府，不过，吐蕃和葛逻禄占据该地也没有多长时间便被回鹘人击败，此后，回鹘占据了西域天山以北的大部分领土。

到了公元808年，安西都护府在坚守42年后被吐蕃攻陷。

此时，西域天山以北为回鹘人领地，天山以南为吐蕃人领地，而巴尔喀什湖以东以南为葛逻禄人领地。西域暂时形成了回鹘、吐蕃、葛逻禄“三国鼎立局面”。当然，这个“三国”非常短暂，接下来的有更长时间的三国对峙。

西域的“三国时代”

当时，吐蕃虽然控制了西域天山以南以及河西走廊，但很快就因为内乱而走向衰亡。另外，回鹘政权也因为内乱，再加上黠戛斯人的打击而灭亡。

此后，再度陷入权力真空的西域地区崛起了三股势力，分别是喀拉汗王朝、高昌回鹘、于阗王国。

于阗王国；于阗自西汉便与中原保持着密切的关系，但在公元792年被吐蕃攻陷。到了公元9世纪中期，吐蕃爆发了内乱，接着张义潮在沙州发动起义，吐蕃在河西、陇右，以及西域等地的统治宣告结束。于阗王国也乘势独立，占领了天山南麓大部分地区。

高昌回鹘；回鹘灭亡后，回鹘人分成了三部分，一部分人选择了依附黠戛斯，一部分选择南迁依附中原政权。另一部分则向西域迁徙，向西域迁徙的一支占领了如今的吐鲁番地区，建立了高昌回鹘。

喀拉汗王朝；西域三国之中最强大的当属喀拉汗王朝，喀拉汗王朝同样是因为回鹘政权的灭亡。回鹘灭亡后，向西域迁徙的一支进入了葛逻禄，随后，这一支回鹘人和葛逻禄人联合，逐渐在天山以北、以西的地方建立了喀拉汗王朝。

三国之中，喀拉汗王朝的建立严重影响了西域的历史、文化进程。

当时的西域本是佛教盛行之地，尤其是天山南麓的于阗，是一个存在了上千年的佛教国家。但当时的喀拉汗王朝逐渐伊斯兰化，并且强迫政权内所有百姓改信伊斯兰教。当喀拉汗王朝逐渐伊斯兰化后，它看着尚未伊斯兰化的政权不顺眼，企图对外渗透，甚至不惜发动战争，强迫周围的国家伊斯兰化。

为此，喀拉汗王朝向千年佛国于阗发动了所谓的“圣战”。这一年正好是960年，赵匡胤在陈桥驿黄袍加身，开国大宋。

喀拉汗和于阗的战争持续了40多年，最终以于阗的失败而告终。于阗失败后，喀拉汗王朝强迫于阗人改信伊斯兰教，虽然收获一定效果，但并没有完全去除于阗境内的佛教。

西域的统一，以及清朝回归中原

中原魏蜀吴三国之争谁也没有获得最终的胜利，反而是司马氏的晋朝一同天下，西域也是如此。

在于阗灭亡后，喀拉汗王朝分裂为东、西两国，西喀拉汗王国受到了塞尔柱帝国的控制。而高昌回鹘也受到了宋朝和辽国的影响，开始向双方进贡。但到了公元12世纪初，稳定的局势发生了变化，女真人崛起后，辽国走向衰亡，不甘心束手就擒的辽国贵族耶律大石选择向西域迁徙，建立了西辽。

通过不断地向西扩张，西辽首先征服了东喀拉汗王国，之后击败塞尔柱帝国，顺势将西喀拉汗王国收入囊中。最后，西辽又征服高昌回鹘。

此时，西辽统治了整个西域地区，以及部分中亚地区。

值得说的是，西辽立国之后，由于国内贵族汉化，因此采取了中原王朝的典章制度，且规定以汉字为官方文字。另外，西辽并不强制推行任何宗教，因此，西辽统治下，佛教、伊斯兰教、景教、道教、萨满教交叉并存于西辽各地。

西辽稳定的统治了西域几十年后，一伙蒙古草原上更强的军队来了，没错，他们就是成吉思汗带领的蒙古人。

蒙古帝国崛起后横扫欧亚大陆，西辽也在1218年灭亡于蒙古铁骑，整个西域地区再次易手，成为蒙古帝国的一部分。成吉思汗死前，将西域作为封地，赏赐给了次子察合台。

到了拖雷之子蒙哥统治蒙古时期，由于察合台、窝阔台反对蒙哥继承汗位，因此西域地区曾短暂被蒙哥托管给成吉思汗长子术赤系后人拔都。但蒙哥死于钓鱼城后，蒙古帝国陷入分裂，察合台后人夺回了察合台汗国的控制权。

在察合台汗国的统治下，伊斯兰教再次得到了发展。此次强制推行，到了16世纪左右，直接让伊斯兰教取代了佛教成为了西域地区传播最广的宗教。

随着时间的推移，察合台汗国分裂成为了东、西两部。西察合台演变成了帖木儿帝国，选择向西扩张，而东察合台则演变成为了叶尔羌汗国，成为西域地区的地方政权。

清朝初年，漠西蒙古准噶尔部崛起，随后开始在西域地区扩张。公元1678年，准噶尔汗国率军进攻叶尔羌汗国，最终将其吞并。

在准准噶尔汗国的统治下，西域曾短暂的推行藏传佛教，但由于准噶尔汗噶尔丹目标远大，企图效仿成吉思汗，攻下整个蒙古高原，甚至是入住中原。因此，清朝统一准噶尔之战爆发。

战争断断续续打了70年，最终在1757年彻底平定了准噶尔叛乱，安定西域。此后，乾隆以“故土新归”定名“新疆”。两年后的1759年，因为准噶尔被消灭，新疆回部大小和卓叛乱，等平定了大小和卓叛乱后，新疆获得了安定。

总结来说，自唐朝以后，新疆并没有固定的统治者，几易其手，大部分时间都是外来的势力。也正是这一原因，使得西域地区不断地更换政权、宗教，导致了很多不必要的宗教冲突。