阿米巴经营的目的有以下三项：

第一个目的：确立与市场直接挂钩的分部门核算制度

第二个目的：培养具有经营者意识的人才

第三个目的：实现全员参与的经营

确立与市场直接挂钩的分部门核算制度

公司经营的原理原则是“销售最大化，费用最小化”。为了在全公司实践这条原则，就要把组织划分成小的单位，采用能够立即应对市场变动的分部门核算管理。这就是阿米巴经营的第一个目的。

阿米巴作为一个独立核算的单位，具有自己明确的意志和目标，并且不断自我成长，他是一个自立性的组织。

培养具有经营者意识的人才

按照需要把组织划分成若干个小单位，这些小单位再作为中小企业的联合体构成公司，把小单位的经营授权给阿米巴巴长，由此培养具备经营者意识的人才，这就是阿米巴经营的第二个目的。

虽然只是小单位，但既然被授权经营，单位领导人就会产生“自己也是经营者一员”的意识。有了这种意识，就会萌生作为经营者的责任感，就会尽力提升自己部门的业绩。就是说，从员工的“要我干”的立场，变成领导人“我要干”的立场。这种从波动到主动的立场转变，就是经营者意识的开始。

实现全员参与的经营

全体员工为了公司的发展，齐心协力参与经营，带着自豪感，成就感投入工作，实现这种“全员参与的经营”，就是阿米巴经营的第三个目的。

每一位员工在各自的岗位上，各自的立场上，都想为自己的阿米巴，为整个公司做贡献。同时，阿米巴巴长和阿米巴都设立目标并实现了目标，他们就能感受到工作的意义。这样的话，全体员工都能找到工作的乐趣和人生的价值，因而拼命工作，在这个过程中，每位员工都会最大限度提高自己的能力，自己的人格也能成长。