研究人员开发了一种高效的单细胞测序的新方法

RNA测序是一种研究细胞和疾病的有力技术。特别是，单细胞RNA测序有助于揭示我们身体的异质性和多样性，这是“人类细胞图谱”的核心技术，旨在绘制所有人类细胞的地图。然而，单细胞RNA测序在大的项目中达到了极限，因为它耗费时间，而且非常昂贵。为了应对这些挑战，奥地利科学院CEMM分子医学研究中心首席研究员、维也纳医科大学教授Christoph Bock的研究小组的科学家开发了一种有效地对大量单细胞进行测序的新方法。

单细胞分子分析为精确医学提供了重要依据。五年前，世界各地的科学家齐聚一堂，开展“人类细胞图谱”项目，目的是对人体内的所有细胞进行分类。例如，这些数据有助于识别哪些冠状病毒可以特别好感染的细胞类型。为了加速和改进这类细胞目录的创建，cmm克利斯朵博克的研究小组的paul Datlinger和andréf rendiro开发了一种新的方法，能够同时在大量单个细胞中进行单细胞RNA测序。

这种方法被称为“scifi-RNA-seq”(用于：“单细胞组合流控索引”)，在细胞被加载到微流控芯片并准备用于单细胞测序之前，用特定的条形码标记许多细胞的RNA。这些附加条形码克服了现有单细胞测序方法的一个重要问题，即单细胞被包装成微小的乳化液液滴和指定的细胞专用条形码。当几个细胞落在同一个液滴中时，它们会收到相同的条形码，无法再分辨。因此，单细胞悬浮液在低浓度下被加载到微流控芯片上，这意味着大部分的乳化液液滴仍然是空的，并且试剂使用频率会低。

在scifi-RNA-seq方法中，细胞预先标记一个额外的条形码，因此，乳化液液滴可以同时装载多个细胞，而分析单个细胞仍然是可能的。

在流行的10x基因组系统中，我们使用这种方法测量15倍以上的单个细胞。附加条形码还允许用户预先标记和组合数千个样本，并在单个微流控分析中对这些样本进行处理。作为我们研究的一部分，我们在人体中做了一个带有单细胞RNA序列读出T细胞的crispr筛选。将来，除其他外，我们的方法可能有助于提高癌症治疗的免疫疗法。“

Paul Datlinger，研究作者

一种具有广泛应用的高效高通量方法

需要将单细胞RNA测序应用于大量细胞或大量样本的项目将特别受益于新方法。项目负责人Christoph Bock解释说：“scifi-RNA-seq能够对数百万个细胞进行高效的RNA测序，这有助于对复杂的组织、器官和整个生物体进行定性。此外，在生物医学中，分析许多单个细胞通常是有用的，例如在血液中发现罕见的干细胞。最后，scifi-RNA-seq将有助于药物筛选和CRISPR屏幕越来越多地与高分辨率单细胞测序读数相结合的趋势。”

更多资料：Datlinger, P., et al. (2021) Ultra-high-throughput single-cell RNA sequencing and perturbation screening with combinatorial fluidic indexing. Nature Methods. doi.org/10.1038/s41592-021-01153-z.