天京事变使太平天国丧失了杨秀清、韦昌辉、秦日纲、陈氶镕等一批领导层的核心人物与优秀将领，而且连累两、三万两广太平军老将士及其眷（家）属失去性命。其中多数人参加过金田起义，是久经沙场、骁勇善战且对天国忠心耿耿的太平军精锐，对太平天国功不可没，是太平军的中流砥柱。这帮人没有死在对清军作战的血肉战场上，却无辜枉死在残酷的内讧中。

天京事变在天国内部造成了严重的信任危机，使人心涣散，也使天国不能全力以赴对付清军的进剿。事变后，太平军军心不稳，军中流传一首嘲歌曰：“天父杀天兄，终归一场空，打起包袱回家转，还是做苦工” 。不少官兵开始怀疑并反感洪秀全等极力鼓吹的拜上帝教，从而导致信仰崩塌，暗中相率逃亡或降清者也越来越多，使太平天国难以避免的走向衰败，这种衰败颓废的气象在当时的战场上很快显示出来。

洪杨内讧后，太平军士气日衰，指挥分散，攻击力明显减弱。清朝官吏把这一切全看在眼里，曾国藩更是暗暗窃喜，他在写给清廷的奏折中说：

“自洪杨内乱以来，贼中大纲紊乱” 《曾文正公家书》。

后来，代替杨秀清主持天朝军政的翼王石达开因饱受洪秀全猜忌、掣肘，愤而离京出走，有五、六万人随他出京，导致天京城内防守空虚。随后石达开又从安庆把对清斗争前线的二十余万浙、赣精锐太平军带走，游离于天朝在外单独征战。

清廷感到机会终于来了，于是调兵遣将，清军开始全面反扑，环攻陷入低潮的太平天国。1857年6月11日，江苏溧水被清军攻陷，7月16日，句容也告失守 。

曾氏湘军趁太平天国内讧，太平军被迫撤离江西、湖北前线之机，得以休养生息，重振旗鼓，再次成为太平军的劲敌。

湘军在江西接连获胜，相继收复了瑞州、宜黄、崇仁、新淦等郡县。官文、胡林翼率绿营在湖北也取得很大进展，先是收复了汉阳，阵毙太平天国秋官副丞相钟廷生，胡林翼收复武昌、汉口，生俘太平军检点古文新等14个将领，武汉三镇全部收复。

湘军又乘势夺取黄州、兴国州、蕲州、蕲水、广济等地，短短十余天就横扫湖北，将太平军驱逐出境。接着彭玉麟率水师捣入江西，李续宾率八千陆师顺江而下，长驱直入，抵达九江。经一系列苦战，湘军先后攻取湖口、彭泽，接着曾国荃、李续宾又费尽九牛二虎之力攻下九江，太平军悍将林启容、李兴隆及麾下一万七千余守军全部玉碎，江防重镇九江从此易手。

清军绿营也攻拔下瓜州、镇江，截断了天京的粮道 ......南北都纷纷报捷。和春、张国樑又乘胜在孝陵卫建立了一个江南大营，窥视天京。

再说湖北巡抚胡林翼奉旨率军进援江西，遣李续宾赴瑞州，文翼赴吉安、临江。刘长佑、萧启江率湘勇进攻临江 ，太平军守卫部队奋力抵抗，久攻不下；曾国荃亲自率吉字营开赴吉安，协助文翼攻城。恰巧离京出走的太平天国翼王石达开部前锋也开至吉安，曾国荃闻讯率部主动迎战，前去攻打石达开。

石达开因天京变乱而出走，加上自己家老少三十余口被韦昌辉诛杀，悲愤交加，心里很乱，无心恋战，率大军开到吉安外围时，见湘军士气正盛，他竟然不救援困守吉安的数千太平孤军，不战而走。先期到达的石部太平军，因后到的主力大军撤退，自然跟随撤走，落后的太平军后队，因信息不畅毫不知情，被突然袭来的曾国荃部湘军杀得片甲不留，几乎无人幸免。

城外清军加紧凶猛扑吉安城，城内的太平军守军却起了内讧，先锋杀了丞相，两部相互攻杀，使苦战两年的湘军最后不太费力就攻下了吉安城

曾国荃因石达开率部远去，便移师开始攻打吉安城。守吉安的主将傅忠信、翟明海率太平军数千将士浴血抵抗，湘军伤亡不小，久攻不克。

曾国荃久攻不下，损兵折将，以霸蛮出名的他倔脾气上来了， 不仅不撤军，还让部下督军继续围攻，他自己回到湖南招兵买马，扩充吉字营兵力，不久重返吉安城下，继续发起强攻。据记载，吉安攻守战持续近两年，太平军三位守将傅忠信、李雅风、翟明海督率守军拼死抵抗，打到最后，城中弹尽粮绝， 石达开撤走后又无外援，又遇到曾国荃这样“扎死寨，打呆仗” 的强悍对手，虽然坚守了两年，但面对湘军几无停歇地猛攻，渐渐有些撑不住了。

两位守将先锋李雅风和副将翟明海因多次开城出战均未得手，还损失了不少弟兄 ，尤其是翟明海屡战屡败，他竟然口出怨言，埋怨前锋李雅风不给力，李也唇枪舌战，讥讽翟明海屡吃败仗，还甩锅自己 。

两人每打败仗就相互埋怨，心生嫌隙，特别是先锋将李雅风，面对翟明海不停抱怨他不会打仗，恼羞成怒，竟然趁其不备抽刀将翟明海斩杀。

翟明海的部众见主将被杀，旋即与李雅风的部众展开混战，自相攻杀，因打不过李部将士，竟然弃城逃走。副将内讧，主将傅忠信竟无力制止。因翟明海部众逃散一空，傅忠信、李雅风势单力孤，曾国荃打探到城内太平军起内讧自相残杀，趁机挥军攻入，经一番激战，生擒李雅风，傅忠信则趁乱奋力逃脱。

城中太平军守军大部被杀，少数随傅忠信逃脱。曾国荃将李雅风送至南昌，旋遭处决。坚守了两年多的吉安古城就这样陷落了。平定江西后 ，湘军便开始图谋安徽、闽、浙等省。此时，太平天国因屡起内讧，已经陷入极端的困境，覆灭只是时间问题了。

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