海瑞从南京离职回到家乡琼山闲居，原本以为很快就可以复出，因为朝廷在海瑞回家时，曾经下过圣旨，“奉钦依照旧候用”。

不料，这一“候用”居然长达十六年之久，直到万历十三年（1585）才得以复出为官。这说明朝中对待重新起用海瑞复出始终存在着很大的阻力。

那么阻止海瑞复出的一个重要人物当属首辅张居正。

《明史·海瑞传》记载说：“万历初，张居正当国，亦不乐瑞。”

就是说，张居正不喜欢海瑞，所以始终不肯起用海瑞。

张居正字叔大，号太岳，今湖北江陵人。嘉靖二十六年（1547）进士，被选为翰林院庶吉士，深得徐阶等器重。后因不满严嵩专权而托病回家休养，潜心研究当时的社会与政治问题。嘉靖四十一年（1562），严嵩被罢官，徐阶担任首辅，张居正得到晋升重用。隆庆年间，官至礼部尚书兼武英殿大学士，与首辅高拱等等整顿北边武备，使北方边塞数十

年平安无事，并因此累加至吏部尚书、太子太师等职。海瑞回海南两年后，隆庆六年（1572）五月，穆宗皇帝逝世。公元1573年，明神宗登基，是为万历皇帝。这是明朝历史上在位最久的一位皇帝，前后长达48年。万历元年（1573），张居正与太监冯保联合起来，以两宫太后的诏旨把首辅高拱赶下台，时万历皇帝虚岁只10岁，其实是一个不谙世事的孩子，张居正自任首辅，掌握朝廷大权，国家大事基本由他决断，直到万历十年（1582）六月他去世为止。

照理来说，张居正在徐阶主政时期，屡屡受到徐阶的提拔重用，应该属于徐阶的门生。据说徐阶当年在草拟嘉靖遗诏时，并没有和同为阁臣的高拱商议，反而和尚未入阁的张居正合谋。

就这一点来说，海瑞和张居正均属于徐阶一党。在隆庆朝弹劾海瑞以及海瑞被迫返乡闲居时，张居正对海瑞则明显抱有同情态度，他在当政时也厌恶苏松地区权贵的不法行为，曾经在《答应天巡抚海刚峰》一文中说：“三尺法不行于吴久矣。公骤而矫以绳墨，宜其不堪也。”对海瑞在江南锐意革新，重塑国家威信，表示赞同，同时对朝野关于海瑞的攻击表示不满，“讹言沸腾，听者惶惑”，而自己不能左右局势为海瑞说公道话，“有深愧焉”，表示歉意。

其实，海瑞和张居正两人的政见有许多相同处，比如都赞成和推行一条鞭法，都希望严肃法纪。但张居正拒绝重新起用海瑞，可能是忌讳海瑞不通人情世俗，动辄轻率冒进，不能照顾大多数人的颜面，会给自己制造更多的麻烦。

所以《明史·海瑞传》说：“居正惮瑞峭直，中外交荐，卒不召。”

然而，张居正对海瑞在江南地区太急躁冒进的革新，而引起了众怒难犯的局势是非常清楚的，所以不愿意伸出援助之手。

就在张居正主政的万历元年（1573）正月，吏部就有官员上疏朝廷推荐海瑞复出，《明神宗实录》记载，万历元年正月，吏科都给事中雒遵举荐海瑞“秉忠亮之心，抱骨鲠之节，天下信之”，要求皇帝“宜亟赐首录”。

但这一请求却遭到了张居正的拒绝

那么张居正为何不愿意召回海瑞呢？

这里面又突出了海瑞倔犟的性格，再次招致了张居正的忌恨与不快。

海瑞虽被迫退休，闲居在海南，但对天下事尤其是发号施令的京师却一直十分关心。也正因如此，导致了他与张居正主政期间的多次冲突，最显著的冲突有两次。

第一次发生在万历二年（1574），张居正的长子张敬修参加在京师举行的会试有作弊之嫌疑，海瑞为此发表了自己的看法。科举考试到明中叶以后弊垢不断增多，其中最遭时人非议的就是科举和权势结合的趋势愈益明显，朝中大臣总是想方设法动用各种关系，以庇护自己的子弟猎取高第。张居正也不例外，他本人虽是通过“昼作夜思，殚精毕力”的努力，才考入进士，并由此逐步发迹。因此，他对自己儿子辈的科举考试十分重视。

万历元年其长子张敬修中癸酉科举人，次年参加甲戌科会试落第。张居正很不高兴，遂决定甲戌科不选庶吉士，引起士人私下的不满。

万历五年（1577），张居正的长子敬修、次子嗣修同时参加丁丑科会试，结果两人同中进士，而且嗣修还名列一甲第二名，即榜眼，官场为之议论纷纷。紧接着到万历八年的庚辰科会试，张居正的第三个儿子懋修也参加科举考试，居然中了一甲第一名，即科举考试中最高等级的状元，朝野舆论为之大哗。好在张居正在万历十年（1582）就死了，否则张家中举还会接连不断，当时就有人作诗加以讽刺，“状元榜眼尽归张，岂是文星照楚乡。若是相公身不死，五官必是探花郎”。

五官是指张居正的第五 个儿子。据当时人的记载，张居正在其子参加会试期间，确实依仗权势做了不少小动作。万历十一年（1583）三月的《万历邸抄》报道，御史魏允贞上疏皇帝揭露张居正的几个儿子参加会试都是请人代笔，“居正诸子得倩人代作”，而且考官又为其作弊，“监试官又加意誊朱，分别式样”。

海瑞历来主张为政者要清正廉明，反对以权谋私。他虽然远在海南，但是张居正助子成龙，其子接连中榜，成为当时社会流行的热门话题。海瑞听到这些对张居正的非议，自然不会置之不理。

海瑞立即写信给内阁次辅，时被朝廷任命为会试总裁的吕调阳，信中提醒吕调阳要公正取士，不能为了升官而徇私巴结张居正。“今年春公当会试天下，谅公以公道自持，必不以私徇太岳。想太岳亦以公道自守，必不以私干公也。惟公亮之。”

这封信的具体时间不详，据宣统三年（1911）续修《琼山县志》卷十五《金石志》记载的“海忠介石刻补”说，“吾乡忠介公刚正之气，无往不与俱。此书盖明神宗初年，张居正擅权······公以讽大学士吕调阳者”。估计时间应该为万历二年。海瑞这封信言简意赅，内容却坦率正直、义正词严，吕调阳对这封信或许有所顾忌，所以导致这一年张敬修在甲戌科会试中落选。据说张居正得知张敬修落第与海瑞写信有关，因而对海瑞更加忌恨。