用guidance检测序列比对准确率

多序列比对 (MSA) 是几乎所有比较序列分析的先决条件,guidance是一个强大和用户友好的工具,用于在对齐中为每个残留物、列和序列分配一个置信分数,并将这些分数投影到 MSA。今天分享的是用guidance检测序列比对准确率,一起来看下操作


使用步骤


#下载软件

http://guidance.tau.ac.il/ver2/overview.php


#安装软件


$ tar -xzvf /opt/software/guidance.v2.02.tar.gz -C /opt/biosoft/

$ cd /opt/biosoft/guidance.v2.02/

$ make


#检测蛋白序列比对准确性


$ perl /opt/biosoft/guidance.v2.02/www/Guidance/guidance.pl --seqFile protein.fas --msaProgram MAFFT --seqType aa --seqCutoff 0.6 --colCutoff 0.93 --outDir/users/train/guidance_result


#检测核酸序列比对准确性


$ perl /opt/biosoft/guidance.v2.02/www/Guidance/guidance.pl --seqFile seq.fas --msaProgram MAFFT --seqType nuc --seqCutoff 0.6 --colCutoff 0.93 --outDir /users/train/guidance_result


#检测编码序列比对准确性


$perl /opt/biosoft/guidance.v2.02/www/Guidance/guidance.pl --seqFile codingSeq.fas --msaProgram MAFFT --seqType codon --seqCutoff 0.6 --colCutoff 0.93 --outDir /users/train/guidance_result


运行完了,生成以下文件


用guidance检测序列比对准确率


打开网页版的结果展示,颜色代表可信度,红色可信,蓝色不可信,下方有直方图


用guidance检测序列比对准确率


用guidance检测序列比对准确率


MSA.MAFFT.Guidance2_res_pair_col.scr.csv为每个位点的分数


用guidance检测序列比对准确率


MSA.MAFFT.Guidance2_res_pair_seq.scr为每条序列的分数


用guidance检测序列比对准确率


Seqs.Orig.fas.FIXED.MSA.MAFFT.Removed_Col为需要删除的位点,可以修改colcutoff来更改这个结果

Seqs.Orig.fas.FIXED.Removed_Seq为需要删除的序列,可以修改seqcutoff来更改这个结果


好了,以上就是使用guidance检测序列比对准确率的全部操作


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用guidance检测序列比对准确率

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页面更新:2024-03-10

标签:准确率   序列   电泳仪   代谢物   直方图   多态性   残留物   毛细管   核酸   先决条件   分数   准确性   科研   操作   软件

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