Structure是由斯坦福大学Pritchard实验室开发的一款群体结构分析软件。structure可通过贝叶斯聚类方法对每个样本的来源进行判断,进而反应群体的遗传结构。真正跑时burnin设为100000,跑100000代,k设为1-20,每轮运行10次。
序列文件用xmfa2struct转为structure可识别的格式,SSR用Genalex转为structure可识别的格式。
操作步骤
打开structure
选择新建任务
输入任务名,保存路径与输入文件
输入个体数,倍性,位点数,missing data的比重(一般都是-9)
输入除了数据外多余的行的内容
输入除了数据外多余的列代表的内容,点击finish
确认信息,点击proceed
点击parameter set下的New
输入burnin多少代和burnin后再跑多少代,可以是5000与50000,其他模型之类的按照默认,点击OK
输入配置名,点确定
点击start a job
设定k为1到10,number of iterations为20次
点击开始跑,等待跑完
找到结果的目录,找到results文件夹,压缩为zip文件
进入网站http://taylor0.biology.ucla.edu/structureHarvester/#选则results.zip,点击上传
等待跑完
查看最近的K值是多少
返回structure,点击具有最近k值的结果文件
点击bar plot下的show
结果出来了,图像可以以多种形式显示,并可保存。
可以标上居群ID
还可以根据Q值来划分
还可以分成多层来显示
此外,还有FST的图
直方图
三角图
树图等
另外,也可用结果中的文件利用distruct软件进行美化处理
好了,以上就是Structure教程。如果文章对你有所帮助,请转发给你身边需要的人噢!
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页面更新:2024-03-01
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