POSCAR
例子:把一个H原子放在一个10 10 10的格子中
第一行:H atom #第一行随便写,不能没有
第二行:1.0 #缩放系数
第三行:10.0 0.0 0.0
第四行:0.0 10.0 0.0
第五行:0.0 0.0 10.0
第六行:H # H原子
第七行:1 #H原子的数目
第八行:cart #笛卡尔坐标cart,分数坐标direct
第九行:0 0 0 #H原子位置
POSCAR详解
第一行:随便写,不能没得
第二行:格子的缩放系数,在优化晶格常数的时候,这个很重要
第三~五行:组成格子的坐标信息,从原点出发,单位为Å
第六行:体系的元素符号
第七行:相对于第六行,对应的元素原子的个数
第八行:原子坐标的表示形式,有两种,一种是笛卡尔坐标(Cartesian),一种是分数坐标(Direct),二者的区别是从原子的坐标行开始,故从第八行开始改变,如果想改成分数坐标,则可以把第八、九行分别改变。笛卡尔坐标并不是原子在我们作为参考的直角坐标系中的绝对位置,而是在元胞基矢构成坐标系中,原子的绝对位置,而分数坐标,就是原子在元胞基矢构成坐标系中原子的相对位置。对于一个斜角坐标系,显然原子的相对位置比较好判断,所以,我们一般在POSCAR中用到的是其分数坐标,如果需要用到笛卡尔坐标,就需要用相应的公式转换。
第九行:原子的坐标信息
POTCAR
POTCAR一般PBE用的比较多,下面的图是小编使用的PBE的库(POTCAR库一般组内服务器都有,询问组内人即可,不需要自己准备,直接调用即可)
例子:下面给出O的POTCAR的部分信息为例,一般PBE用的比较多
解释
VRHFIN 用来看元素的价电子排布,
LEXCH 表示这个POTCAR对应的是GGA-PBE泛函;如果INCAR中不设定泛函,则默认通过这个参数来设定。
ZVAL 指的是实际上POTCAR中价电子的数目,做Bader电荷分析的时候,极其重要。
ENMAX 代表默认的截断能。与INCAR中的ENCUT这个参数相关
TITEL 指的是哪个元素,以及POTCAR发布的时间
一般这几个参数我们用的比较多,别的很少会用到,故而就不多做说明
用法
根据上面关键词,故而我们就可以使用grep搜索关键词直接得到我们想要的信息
查看POTCAR有哪些元素: grep TIT POTCAR
查看POTCAR相应元素的价电子数目:grep ZVAL POTCAR
查看POTCAR元素默认的阶段能的数据:grep ENMAX POTCAR
POTCAR种类
VASP提供的赝势文件,并不是每个元素只有一种,打开赝势库看一下,几乎所有元素的赝势都不止包含一种, VASP在手册上有建议使用的赝势
(v是valence的缩写,_pv代表把内层的p电子作为价电子来处理, _sv代表把内层的s电子作为价电子来处理,具体的电子数可以使用grep ZVAL查看考虑的POTCAR价电子数目,考虑的价电子数目越多,计算量肯定越大)
一般我们用的最多的是标准赝势,即没有后缀的那个(最常用)
_h赝势是更硬的赝势,(更精确,需要更高截断能) 计算慢且计算量量大
_s赝势是更软的赝势,(更粗糙,需要的截断能小) 计算快但计算量相对小
_pv赝势是对于d区过渡金属,包含内层的p轨道,比如V_pv 的赝势包含3p3d4s,
_sv赝势是对于d区过渡金属,包含内层的s和p轨道,比如 V_sv的赝势包含3s3p3d4s,
_d是对于主族4周期以后的元素,包含内层d轨道,比如Ga_d 的赝势包含3d4s4p
POTCAR的选取
平时要根据自己的实际情况选择赝势,如果没有特别的需求,直接标准赝势即可
如果POSCAR有几种POTCAR,那么使用cat(没错就是cat,猫)命令把几种POTCAR结合在一起,记住一定要根据POSCAR的元素符号顺序整相应的POTCAR
比如我的POSCAR长这样
1. 那么我要分别得到S, Mo,Co, H 的POTCAR
cat S/POTCAR Mo/POTCAR Co/POTCAR H/POTCAR > POTCAR
2. 运用命令grep TIT POTCAR查看元素顺序
grep ZVAL POTCAR查看价电子数目
页面更新:2024-04-24
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