公元1663年，被收缴“平西将军印”的吴三桂，知道清廷要“鸟尽弓藏”，在解决“三患两难”中的其一，南明朱由榔和李定国残部之后，继续以其二“土司反覆，惟利是趋，一被煽惑，遍地蜂起，其患在肘腋”为理由，借清廷的手对云贵土司进行“改土归流”，安排自己“西选”的流官，加强在云贵的集权，为抗衡清廷增加筹码。

征讨贵州水西土司

公元1664年，康熙三年，正月，吴三桂在奏折中称“水西土司安坤，久蓄异谋，近闻牲祭鬼，将为不轨”，给水西彝族土司（贵州四大土司之一）安坤扣上了谋反的帽子，但其本无造反之心，清廷批复命吴三桂令云贵两省官兵进剿水西土司。

八十有余之龄的南明遗将黔阳王皮熊，趁机建议安坤打出“反清复明”的旗号，起兵反抗，一时间聚众数万人，又联络云南彝族、苗族土司，约定攻打昆明。

二月，吴三桂率云南十镇兵联合四川总兵刘之复，贵州提督李本深联合会剿，亲自提师毕节（今贵州毕节）。

初期，因为军中文书“六归”（今贵州大方县东南）与“六广”（今贵阳市修文县六广镇）的笔误，再加上吴三桂轻敌，受困织金果勇底两月之久，军中绝粮，坐以待毙。

双方在织金果勇底（今贵州省毕节市织金县八步镇果勇底）激烈厮杀，彝、苗、汉、穿青族，组成的水西近十万大军几乎全军覆没。最后水西军死伤七万，三万清军也是死伤过半。直到援军来到，吴三桂才得以脱困。

当时果勇底尸横遍野，无人掩埋。最后都是当地百姓看到可怜，才把这些尸体拖来丢在旁边的吊洞里掩埋。

（后来“三藩”之乱爆发，康熙皇帝才为水西土司平反，不管是此战阵亡的朝廷清兵还是水西土兵一起平反，在这个曾埋葬万人的吊洞上建立了一座万人坟。水西壮士为报仇在平“三藩之乱”的战场上踊跃杀敌）

十一月，清军再次自乌蒙(云南昭通)进征水西，安坤悉众来拒，清兵大破之于波罗箐，追至法地屯，安坤绝食而死。

水西土司府

公元1665年，康熙四年，正月，各镇将剿擒安坤党羽安如鼎，及南明朝廷册封的黔阳王皮熊也被擒获，就地处死。

二月，“官兵进元乌撒(贵州威宁)，土酋安重圣，安重乾就擒”，亦被斩首，“蛮方大定”，称为“百年皇帝，千年土司”的水西安氏土司势力几乎被灭。

在云南的苛税杂赋，圈地养马

为扩充武装，以防“消藩”的吴三桂，在云南四处圈地，用来养马牧粮，散失土地的各族百姓，被迫沦为“庄奴”供其奴役。

吴三桂实行“改土归流”，故意放纵役吏在土司辖区到处掠夺抢劫，奸淫烧杀，凶如豺狼，激土司反叛。

经济上加重民田赋税，不断勒索土司，土司只得又来剥削当地百姓。

如：新兴州（今玉溪市）“军民村屯三十户，轮应军伕、扇伕、皇隶七十二名，名曰跟役”；

临安府（今红河州建水县），“参将岁派各村寨之陋规银300余两，粮80余石”，这些在明朝时期官吏私下征收的不合理税，被吴三桂列为正税开赋，农民负担极为苛重；

“河阳县(玉溪市通海县河西镇)上则田,每亩征米八斤一合八勺三抄,为全滇民赋最重者”。

除此之外，军屯的税赋更高，其上则田每亩征米七斗二升，高达以往的八九倍。

故当时的人都感慨说：“屯军终岁屯勤动种收之谷,不惶赡顾父母妻子”。

宁州土司禄昌贤被诬谋反

吴三桂的藩兵入宁州（今玉溪市华宁县）办养马场，占领了大量良田，宁州彝族土司禄昌贤与藩兵多次形成对立，矛盾越积越深。

看守养马场的牧卒，肆淫无忌，惹怒了宁州彝族土司禄昌贤的随身士兵诸小来，其遂将牧卒杀死。

“其党索昌贤（禄昌贤）金不遂，诬以反”。藩兵借此扩大事态，向禄昌贤索要赎金，贤有意保护，遂拒绝，被诬造反。正值吴三桂想要清理土司势力，禄昌贤有口难辩，不知如何是好。

施东诸土司“反清复明”

三月，传来清军在贵州水西失利的消息，谣传吴三桂战殁，大营城土司王辉祖首先突入新兴州，尊沐神保（明朝黔国公沐天波之孙）为新主，改元大庆，改新兴州为新庆州。

王辉祖号召各地土司起兵讨伐吴三桂，击毁清政府的地方统治机构，夺回土司权力，光复大明。

顷刻之间，一呼百应，施东地区（明朝时期称：昆明以东地区为迤东）风起云涌，掀起大规模反清运动，走投无路的禄昌贤也只得加入其中，夺取了宁州城。

其中还包括：嶍峨（今玉溪市峨山县）禄益，石屏（今红河州石屏县）龙韬、龙飞扬，远江的那烈，蒙自（今红河州蒙自市）李日森、李世藩；路南（今昆明市石林县鹿阜镇）素祖召，陆凉（今曲靖市陆良县）资洪，弥勒（今红河州弥勒市）祖维摩、沈兆鳞与王承祖、王义、王先任、王先伦等。

而这一切却顺了吴三桂的意，一个是他可以向清廷释放出云贵土司聚众叛乱的信号，继续保留兵权，向国库要钱要粮；另一个排除土司这个不稳定因素，可以更进一步的加强对云贵地方的掌控。

众土司联军攻陷易门（今玉溪市易门县）后，王辉祖派人分头联络。召封江外的齐正为兴阳侯,马麟甲为总兵,及王义、李明扬等部彝族、哈尼族武装，赶来进攻河西（玉溪市通海县河西镇）、昆阳;禄昌贤也挥师直取昆阳、晋宁、三泊(今昆明安宁)，形成围攻昆明之势。

禄昌贤以宁州为大本营，攻江川（今玉溪市江川区）、通海（今玉溪市通海县）、宜良（今昆明市宜良县），窥江府；习峨县土酋禄益(阿卜路军民总管阿只后代)陷习峨（今红河州泸西县向阳乡习峨村）；伪开国公赵印选攻弥勒（今红河州弥勒县）；龙韬等攻陷临安府城，元江傣族土司那烈率众“三攻元江府”，滇南震动。

吴三桂镇压施东，沐氏嫡裔绝嗣

云贵总督卞三元、云南巡抚袁懋功、提督张国柱等调兵分路剿捕，吴三桂听说云南土司联合发动叛乱，立即从水西回师云南，对土司联军进行了残酷的镇压。

三月底，总兵王辅臣率清军赶来，“破木城九座于弥勒城下，驰入城,内外夹攻，斩士兵二千有奇”

四月七日，从江川败回新兴州的王耀祖连同沐神保，被清军擒，沐神保及其父沐忠罕被吴三桂杀害，沐氏嫡裔遂绝。

四月二十日，清军直捣普蚌山，生擒禄昌贤的党羽杨道生等，而禄昌贤先奔逃往滇东南在今文山州与众土司抵抗清军，后退守交趾(今越南北部)，吴三桂则一路追杀。

七月，禄昌贤自缢而死，首级被带回云南，清军毁宁州城，焚烧了东门内的宁州知州署，屠戮至“居民仅止数家”；同样破易门城吴三桂“尽坑其人”。

迄至年底，元江的那烈、纳更山的龙韬、瓦渣钱觉跃、溪处赵思忠、纳楼普率等民族武装，终于兵败被灭，滇东、滇南各地遭清军血洗，历时近8个月的施东动荡遂平

翠湖上的新王府

吴三桂镇压了水西土司和滇东、滇南众土司的叛乱后，返回云南昆明，“以刘文秀故宅，以其狭小”，命人“填菜海子（翠湖）之半作新府”，在“蜀王府”的基础上大兴土木建设新府，仿造帝居，“千门万户，极土木之盛”。

翠湖公园

（早在1659年，进昆明后，吴三桂就向清廷“乞沐氏勋庄”，把今西山区太华山上的永历帝故宫选为平西王府，此为其旧府。）

这新府，最早是明代朱元璋镇守云南的义子平西侯沐英，在昆明的翠湖建立的平西侯府，并在翠湖边建柳营屯兵。

后来，沐英的儿子沐晟因为征讨胡朝（今越南北部）有功，晋爵为黔国公，迁进新建的黔国公府（今昆明五华区胜利堂），平西侯府因此被沐氏家族视为“别业”（旧府）。

昆明抗战胜利堂，原明朝黔国公府

明末，大西军将领刘文秀、李定国等人，迎永历帝朱由榔在昆明登基有功，刘文秀被封为“蜀王”，将沐氏柳营别业作为“蜀王府”，因为其曾是大西军的抚南王，所以又称“南府”。吴三桂看中后加以扩建成新平西王府，后来甚至成为了大周政权的皇宫。

关于建造新府的材料记载有“柳营一带皆珍馆崇台”，“花木扶疏，回廊垒石”。新府石栏杆均为大理石浮雕，奢华至极。

吴三桂入滇将明沐氏700项庄田占为己有，平西亲王新府占地数十里，用料珍贵，工艺精美，显示着主人的权势与地位，同时也暴露出其僭越的野心。

滇西北纳西木府土司

1667年，康熙六年，吴三桂欲联合和硕特汗国（今西藏）为外援，但是滇西北丽江木府的纳西族土司防御严密，难以在地理上取得联系，且木府土司木懿似乎不是很听话。

丽江木府

于是吴三桂发行文征调木府士兵一千，当时木懿推故不从，吴三桂便派兵查抄木府，并将元朝就赐给他们掌管边疆的金印强行收去。

第二年，吴三桂就将丽江辖下的诏国、你那、香罗、鼠罗、中甸五县割让给和硕特汗国，并且命人逮捕木懿并押往昆明囚禁，还责令丽江赔偿遗失的税收；但康熙皇帝听从了云南巡抚李天浴的意见，免除了这一税收。

清康熙时期

1669 年，吴三桂将丽江辖下的其宗和剌普送给和硕特汗国，并责令木懿赔偿重大税收损失。木懿不从，被吴三桂罢免官职，以其子木靖为新任丽江知府，当是木靖还没上任就死了。

木靖无子，收弟弟木櫾的儿子木尧为养子。木靖死后，清廷任命木尧为新的丽江土司，但在木尧的奏请下，最终册封木櫾为新的土司。

木懿在昆明的监狱里被关押了七年，一直到“三藩之乱”被清廷平定，才得以释放回丽江。