1644年，噶尔丹降世，在17到18世纪中叶这个人类文明开始转轨的年代里，面对扩张中的俄罗斯帝国，入关为主的清王朝，噶尔丹在亚洲的心脏处开始了非同凡响的一生。温萨耳传密法作为格鲁派密宗的重要法脉源流，也是格鲁派两大密法传承之一，三世温萨活佛是喀尔喀哲布尊丹巴呼图克图一世的法师，参加了1640年的喀尔喀-卫拉特联盟，在蒙古地区有很大影响力。温萨活佛呼图克图四世的身份和噶尔丹前20年所接受的佛学教育无疑是缠绕噶尔丹一生的密咒。

1610年卫拉特盟主拜巴噶斯请西藏格鲁派高僧到卫拉特各部传教，成为格鲁派在卫拉特传播的开端，拜巴噶斯甚至一度想削发为僧，后来在各部首领的提议下，各部首领都献一个儿子代替拜巴噶斯当喇嘛，彼时拜巴噶斯没有儿子，便认巴巴汗诺颜的儿子为义子出家，就是咱雅班迪达。后来，这种传统得到延续，政教结合程度也不断提高。

1634年，拥护噶玛噶举派的喀尔喀却图汗与藏区白利土司，后藏藏巴汗结成的反格鲁派联盟开始了对格鲁派的进攻。继色哲之乱后，格鲁派再一次面临生死存亡的难题。

而从1627年开始在卫拉特蒙古，喀尔喀蒙古，土默特蒙古传教的温萨活佛呼图克图三世，因为熟悉蒙古情况且享有崇高声誉，在1634年这场突如其来的腥风血雨中，再次被派往卫拉特搬救兵。也就是这次出使种下了噶尔丹一生的佛缘。

1636年和硕特固始汗和准噶尔巴图尔珲台吉应格鲁派之请进军青海，歼灭拥护噶玛噶举派的却图汗，此后黄教即格鲁派更是在在青藏高原成为主流教派。噶尔丹作为护持黄教的准噶尔首领巴图尔珲台吉之子，后来成为温萨活佛也并不奇怪。

1640年喀尔喀卫拉特联盟成立，在咱雅班第达和三位呼图克图的见证下，制订了著名的《蒙古卫拉特法典》从法律意义上规定了对藏传佛教格鲁派各种经济政治特权的保护 ，禁止除藏传佛教格鲁派任何教派在卫拉特蒙古传播（包括萨满教在内，甚至规定对招来萨满的人进行处罚）。藏传佛教格鲁派在卫拉特的独尊地位至此正式确立。

《蒙古溯源史》中记载是在噶尔丹之母玉母阿噶请求下，温萨活佛三世同意转世在她腹中，第二年温萨活佛圆寂。1644年噶尔丹降世，被认定为温萨活佛呼图克图四世。

三世温萨活佛是哲布尊丹巴呼图克图一世和四世班禅的老师，再加上在巴图尔珲台吉的十二个儿子中，噶尔丹和同母兄僧格最受宠，所以在1656年，13岁的噶尔丹入藏后受到格外重视。在《五世达赖喇嘛传》中对噶尔丹都是温萨活佛称之，位列各汗王，珲台吉，台吉之首。噶尔丹作为温萨活佛在西藏有自己的温萨寺，地位相当尊崇。1656到1662年噶尔丹跟随四世班禅学经文，后来又跟随五世达赖学习佛法。而五世达赖带给他的远不止佛法。

在《五世达赖喇嘛传》1663年4月，向噶尔丹教授随许法以及教法；1665年8月，五世达赖喇嘛专门派僧人给噶尔丹传授了五部空行之迎接等教法；1666年11月23日，五世达赖喇嘛向噶尔丹传授了珠杰派的长寿灌顶。在《秦边纪略》中则记载“达赖喇嘛之徒遍西域，而特重噶尔丹，所语密，虽大宝法王、二宝法王不得与闻。”由此不难看出五世达赖对噶尔丹的重视。在此，噶尔丹的师兄是西藏贵族仲麦巴家族的桑结嘉措，那个在五世达赖圆寂后几乎掌控了西藏的人。

此前，和硕特拜巴噶斯义子咱雅班迪达一直是卫拉特声名最尊崇的大呼图克图，是创制托忒蒙古文的重要人物，对卫拉特的政治、文化都产生了重大影响。他在1617年入藏，1639年返回卫拉特传教，在1641年前后，实力甚至已经超越准噶尔的准噶尔不肯再屈居于彼时的盟主和硕特鄂尔齐图汗之下，但在咱雅班迪达的斡旋之下于是出现了史称“合约尔台吉”和硕特鄂尔齐图汗和巴图尔珲台吉二者都成为了卫拉特联盟的盟主。作为鄂尔齐图汗的义兄，咱雅班迪达对鄂尔齐图汗是一贯维护的，在1647年经过咱雅班迪达的努力，鄂尔齐图汗至少成为卫拉特名义上唯一的盟主。靠着咱雅班迪达，和硕特保持着过往的尊荣。而在咱雅班迪达去世后，统治西藏的和硕特又与黄教上层发生矛盾，在此背景下准噶尔的噶尔丹作为温萨活佛呼图克图四世在之后受到黄教上层的大力支持。

《四卫拉特史》记载“在僧格的时代，博硕克图当格隆拉特他赐给许多卫拉特人以乌布锡、乌布升次、格次勒、格林等戒律‚并翻译了许多佛经”在咱雅班迪达圆寂后，无论是佛学造诣上还是地位上，噶尔丹成为取代咱雅班迪达的呼图克图。

1670年僧格被同母异父兄车臣和卓特巴巴图尔暗杀，1671噶尔丹返回准噶尔，搅动了整个中亚的风云。在1672年击败杀了僧格的车臣台吉后登上准噶尔大汗的宝座，向清朝方面上疏希望承认其合法地位并得到了肯定，在作为活佛的时期就和沙俄多次互派使者来往的他更是得到了沙俄的支持，此外有达赖作为强大的后盾和他温萨活佛的身份，噶尔丹更是具有了强大的精神凝聚力。噶尔丹娶了僧格遗孀阿努（鄂尔齐图汗之女），又抢了策妄阿拉布坦议婚的阿海（鄂尔齐图汗孙女），得到了来自和硕特方面的有力支持。

但噶尔丹的野心不止于绰罗斯之主，鄂尔齐图汗也不会坐视准噶尔的威胁日益强大，咱雅班第达去世后，准噶尔和和硕特的力量平衡更难以维持。1675年鄂尔齐图汗主动出击，但面对辉特部的倒戈，他只能撤军，在沙喇伯勒度过了一个冬天，第二年噶尔丹兵锋直指鄂尔齐图汗，认清敌我实力后，鄂尔齐图汗丢下军队逃到了塔勒奇归附额尔德尼珲台吉。噶尔丹成为卫拉特之主。

1678年噶尔丹东侵青海。1979年得到达赖喇嘛封的“博硕克图汗”号后，噶尔丹一时间威名无两。达赖喇嘛插手天山南路黑山派和白山派的斗争，在达赖喇嘛的直接支持下，从1679年开始噶尔丹剑指南疆侵入哈密，1680年攻破喀什噶尔，叶尔羌，霍屯，叶尔羌汗国灭亡，一直臣服于准噶尔直到1750年。而噶尔丹不仅行动前会请示达赖喇嘛，他的军事成果也会直接与达赖喇嘛分享，他将叶尔羌为主的一千五百座城镇，二百万户人口献给了达赖喇嘛。达赖喇嘛企图通过噶尔丹建立一个强大的政权维护格鲁派和西藏的利益，噶尔丹则对他的上师有很深的信任与依赖。

东察合台即叶尔羌汗国

此后在噶尔丹领导下日益强盛的准噶尔汗国发达的畜牧业经济需要从伊犁河谷通往中亚河中地区的商业要道，于是这次噶尔丹的矛头对准了拥有塞拉木城（锡尔河地区最坚固的堡垒和重要的农业地区）和塔什干（哈萨克最重要的商业城市）这两座繁华商业城市的哈萨克汗国。面对防守坚固的1681-1695塞拉木城噶尔丹出兵三次攻打塞拉木城（期间曾与诺盖人交战），最终1634年攻破塞拉木城。这场战争中噶尔丹俘获了两个哈萨克贵族，其中一个是哈萨克头克汗之子，被送到达赖喇嘛处为质。1634-1636又攻打哈萨克草原的东南，这场远征中夺得了中亚名城塔什干。此后哈萨克归顺准噶尔，而在噶尔丹的要求下哈萨克不仅要交纳贡赋还要改奉藏传佛教。

西征取得的成功也许使噶尔丹想要建立一个像成吉思汗时代的帝国。

1686年喀尔喀三路王公在库伦伯勒齐尔会盟准备解决土谢图汗与新任札萨克图汗争夺已久的领地与人畜问题，土谢图汗之弟哲布尊丹巴呼图克图的偏袒，西藏使者和准噶尔使者的挑唆使，最终勉强达成的合约。因为土谢图汗毁约彻底爆发战争，与札萨克图汗有亲戚关系噶尔丹1687年与札萨克图汗在三赫格尔会盟准备入侵喀尔喀，以不敬达赖为名要生擒土谢图汗和哲布尊丹巴。1688年噶尔丹三万大军突袭喀尔喀，喀尔喀各部南投清朝。

康熙并不愿北疆再起兵衅，各方都寄希望于达赖喇嘛的调节。而达赖喇嘛派出的使者善巴陵堪布喇嘛向康熙说“达赖喇嘛令奏圣上，但擒土谢图汗，哲布尊丹巴呼图克图，畀噶尔丹，则有利于生灵”达赖明确支持噶尔丹的立场让康熙震惊，开始怀疑这究竟是不是真正达赖喇嘛的意思，不得不佩服康熙的睿智，此时掌权的正是噶尔丹的师兄第巴桑杰嘉措，距达赖喇嘛去世已经六年。在这场战争中噶尔丹得到了西藏格鲁派上层的竭力支持。

此时哈萨克汗国附属于准噶尔

但噶尔丹的赶尽杀绝无疑最终也使自己走上了绝路，在1688年噶尔丹杀了策妄阿拉布坦的两个弟弟以致策妄阿拉布坦远逃。在贸然和清朝开战的情况下，变生肘腋，策妄阿拉布坦与清朝合作。

策妄阿喇布坦在噶尔丹出兵喀尔喀时，袭击了噶尔丹的大本营科布多，将噶尔丹的妻子及臣民尽收而去。当噶尔丹败于昭莫多，穷困至极之时，清朝封锁了噶尔丹往青海、西藏去的道路，策妄阿喇布坦又占据着噶尔丹的大后方，堵绝了噶尔丹的回师之路，使噶尔丹陷入腹背受敌的境地。期间，西藏第巴桑结嘉措由于与噶尔丹"相昵"，曾以达赖喇嘛的名义劝说策妄阿喇布坦与噶尔丹通好，但策妄阿喇布坦表示了拒绝，而且向清朝廷表态："噶尔丹若逼近我土，必竭力进剿。"结果，噶尔丹不敢越阿尔泰，导致最终失败，惨死科布多。

西藏迁怒于策妄阿喇布坦，到策妄阿喇布坦即位准噶尔部大汗后，也像前几任准噶尔部首领一样去争取西藏达赖喇嘛对自己的支持。但是，始终无法与西藏宗教上层建立起密切联系，直到噶尔丹、五世达赖、第巴都故去，策妄阿喇布坦才有机会与西藏新的宗教上层建立关系。

在这位温萨活佛呼图克图四世生命的最后，他用藏文写下绝望的忏悔诗，再次展现了他热忱的信仰。

噶尔丹博硕克图汗六波罗蜜忏悔文

具足世间太阳众佛之集身，

具足清净持金刚本质，

无愠色上三宝之根本，

无量护佑者众喇嘛上师，向你们崇拜祈祷！

明知奇妙布施的善德，

却被吝啬的铁绊脚牢牢地捆住，

做了投生痛苦饿鬼之业，

请保佑我这痛苦的人吧，我的喇嘛上师！

明知贞洁戒律的善德，

却杀生又偷窃，在烦恼路上被阻遏，

活煮地狱里为自己备大锅，

请保佑我这可怜的人吧，我的喇嘛上师！

明知坚定忍辱的善德，

却被严酷热地之火所焚烧，

做了降生凶残阿修罗之恶，

请保佑我这糊涂的人吧，我的喇嘛上师！

明知思远精进的善德，

却推托不做，被懒惰所侵蚀，

做了降生害人恶趣之业，

请保佑我这虚伪的人吧，我的喇嘛上师！

明知静心禅定的善德，

却被愚昧的罗网所套住，

做了降生愚昧无知畜生之业，

请保佑我这迷茫的人吧，我的喇嘛上师！

明知广博智慧的善德，

却被无知之力所迷惑，

做了永世降生恶趣之恶，

请保佑我这孤独的人吧，我的喇嘛上师！

明知六波罗密多之善德，

却痴迷于苦难的八道，

做了降生六种苦难众生的恶业，

请保佑我这苦难的人吧，我的喇嘛上师！

因吝啬之缘故，布施的资粮枯竭了，

一心想着去享受，我怎么把你忘记了，

束缚在黑暗的苦难里了，你的儿子，

断除那黑色的束缚套绳吧，我的喇嘛上师！

因束缚之缘故，戒律信仰的枝节折断了，

一心想着咒语，我怎么把你忘记了，

掉进了无底的大海里了，你的儿子，

以怜悯之心拉上那海岸吧，我的喇嘛上师！

因傲慢之缘故，忍辱的武器毁坏了，

一心想着前行，我怎么把你忘记了，

沉迷于世间的八道里了，你的儿子，

引导走向那清净世界吧，我的喇嘛上师！

因懒惰之缘故，精进的鞭子断开了，

一心想着侥幸，我怎么把你忘记了，

被绑在政令至严的阎王套索里了，你的儿子

以仁慈之钩像钓鱼一般拯救吧，我的喇嘛上师！

因纷乱不定之心，禅定之身烧毁了，

一心想着弟兄情，我怎么把你忘记了，

掉落在杀载者的地方了，你的儿子，

以慈悲之心快快予以引导吧，我的喇嘛上师！

因无知之缘故，智慧之刀变得钝了，

一心想着拖延，我怎么把你忘记了，

掉入没有渡口的海底了，你的儿子，

以平安之舟救上那岸边吧，我的喇嘛上师！

请把我送到诸大圣城之根，

请使我产生对至圣上师之信，

请使我宝贝三学得以弘扬，

如此愿我政与教得以安定！

一切大吉！