观点 | 如何做好病原检测与传染病监测？

当前，新冠疫情仍在全球范围内肆虐，国内多个城市不时出现小规模的疫情反复。从天花、霍乱到新冠，新发/再发传染病如“达摩克利斯之剑”，高悬于人类头顶，频繁威胁着人类健康和社会发展。近日，在由中华医学会杂志社和北京协和医学院群医学及公共卫生学院共同主办的2021年病原检测与传染病监测学术交流大会中，来自全国的疾控专家、临床医生和技术骨干围绕病原检测与传染病监测进行了技术分享和应用探讨。通过观看在线直播，小编对会议报告内容及观点进行了编辑整理。

观点一：基于宏基因组检测技术对于病原的发现和溯源以及追踪具有非常重要的作用

作为会议发起人之一、中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所所长许文波研究员表示，基因测序对本土新冠疫情的快速溯源有着一锤定音的作用。疫情防控要对所有输入新冠病例、入境物品开展病毒基因测序，并与全球其他地区的病毒序列进行比对分析，跟踪病毒的变异演化情况，发现感染来源，及时推动新冠的流调溯源工作。此外，常规性核酸检测要跟上。许所建议：在全国范围内继续加强各级实验室网络设备和技术能力建设，加强病原基因组二代测序和分析能力建设；在全球范围内加强对冷链从业人员新冠病毒核酸的监测，防止鱼类、肉类生产过程中受到污染；在高危人群中定期进行核酸主动筛查，同时加强针对有输入病例的医院或定点隔离酒店的医护和从业人员的监测和防护等。

图1.会议现场

观点二：新冠病毒高通量测序，对病毒基因组变异特征、宿主内变异以及病毒准种等相关研究具有非常重要的作用

来自首都医科大学附属北京世纪坛医院曾辉教授分享了高通量测序技术助力新冠病毒多样性和变异特征研究的最新进展。曾教授及其研究团队采用华大智造DNBSEQ-T7对新冠阳性样本进行了深度测序，通过识别病毒基因组中的SNP，鉴定出同一新冠患者体内同时存在两种SARS-CoV-2单倍型；随着病程进展，这两种病毒变异株在呼吸道和消化道呈现出差异分布（如图2），这提示SARS-CoV-2病毒可能在不同组织器官具有不同的适应性。此外，曾教授还联合多个研究团队对北京地区早期新冠病例的临床标本进行了高深度测序和生物信息学分析，总结了病毒基因组序列的特征及进化关系，评估了实施公共卫生战略的显著效果。北京卫健委对此予以高度赞扬。

图2.利用DNBSEQ-T7鉴定出同一患者体内存在两种SARS-CoV-2变异株

观点三：面对大规模人群的快速检测及筛查，需要快速搭建大规模核酸检测平台

来自首都医科大学附属北京地坛医院王雅杰教授表示，新冠病毒核酸检测结果在面向大人群的新发突发传染病检测中具有重要价值，但在有限的时间内待检测人群基数大、或考虑到偏远地区医疗基础薄弱、部分检验室不具备充足的检测环境或检测条件，这些对疫情防控工作提出了挑战。移动式PCR方舱实验室、快装式负压核酸检测实验室等新型机动力量发挥了重要作用。以近日广东省突发疫情为例，奋战在疫情一线的火眼气膜实验室、 “猎鹰号”气膜方舱实验室、“普济号”负压硬气膜方舱实验室等，都是在短时间内快速搭建的大规模核酸检测平台，为大人群筛查提供了强有力的保障。

图3.采用华大智造提供的大规模核酸检测一站式平台快速搭建而成的“普济号”方舱实验室

结束语

面对疫情反复、多点散发，针对大人群的群防群控、精准检测，以及深入开展的溯源研究都很重要。将疫情防控落实到位，需要做好能力建设和技术储备。其中，支持大范围核酸检测的一系列自动化设备已成为疫情防控的“中坚力量”。但如何在核酸检测的同时，将基因测序设备和溯源分析能力快速投入疫情“战场”，这一点值得重视和思考。

参考文献：

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2. Du P, Song C, Li R, Song Y, Li J, Ding N, Zhang J, Song R, Han J, Gao G, Yue J, Duan A, Huang Y, An J, Wang J, Zhang F, Chen C, Zeng H. Specific re-distribution of SARS-CoV-2 variants in the respiratory system and intestinal tract. Clin Infect Dis. 2020 Oct 22:ciaa1617. doi: 10.1093/cid/ciaa1617. Epub ahead of print. PMID: 33086379; PMCID: PMC7665415.

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来源：测序中国