1555—1556年间，圣保禄学院开始分科教学，被认为是一所高等学府

沙勿略曾经在两封信中谈到早期果阿“神圣信仰学院”(即后来的圣保禄学院)的情形。1542年9月20日，他刚到印度不久，在致总会长罗耀拉的信中说:

在果阿城，我们的天主促使了某些特定的人物通过建立一所学院来侍奉它。

在这个地区，这所学院比任何其他的东西都显得必要。每天的工作都有所进展，这就是必须感谢天主的理由，因为他命令他的仆人们建立这样一座物质上的建筑物，为的是启迪无数的灵魂上的圣殿。

为此，他命令他的仆人们要教化和皈化许多异教徒。想要建立这所学院的人都是高度受人尊敬的有影响的人士。

总督阁下尽其所能关注学院的建设，他深信在这个地区必须建立这座建筑物，他认为这是对天主极大的事奉，所以必须尽力扩大并且在短期内完成。

在这所学院中建立的教堂十分美丽，它的基础已经奠定，墙壁也已经建起，现在正在盖屋顶。

夏天就要在这教堂中举行弥撒。这座教堂是巴黎大学索邦神学院教堂(theChurchoftheCollegeoftheSorbonne)的两倍大。

已经有足够的财政以维持一百多名学生的生活。捐赠的基金与日俱增，因为每个人都认为这是一件卓越的工作。

我相信在未来六年中它将拥有三百名学生，他们讲不同的语言，来自不同的国家和民族，我希望不用几年就会有人从这所学院中毕业，从而使基督徒的人数成倍增加。

1544年1月15日，沙勿略从科饮写信给罗马的神父们，再次谈到该学院时说:

去年我曾写给你谈到果阿城中的这所学院。现在这所学院里已经有很多学生。他们讲不同的语言，所有的人都出身于异教徒的家庭。

这所学院里已经有很多建筑物建立起来，许多学生在学习拉丁文，另外一些人则学习如何阅读和书写。

保罗神父(MicerPaulo)与学生们住在这所学院里，每天都与他们讲弥撒，听告解，他从未停止对他们进行属灵上的教育。

他也关心学生们身体上的以及物质上的需要。这所学院很大，有五百名学生住宿在里边，它有财政和基金的支持。

这所学院接受许多善款，总督对它也十分慷慨。

所有的基督徒都有理由为建立这样一所被称为神圣信仰学院的会院感谢天主，由于天主的仁慈，我希望不用数年基督徒的人数就会大大增加，教会的边界将因为在这所神圣的学院里就读的学生的努力而不断扩大。

当时圣保禄学院的主要领导人有:(一)戈梅斯(AntonioGomes)，他是马德拉岛(Madeira)的土著人，1544年获科因布拉大学法学博士加入耶稣会，1546年晋铎。

他在葡萄牙的传教事业十分成功，被提名为果阿圣保禄学院的院长，1548年航行来到印度。但是人们发现他并不胜任圣保禄院长的职务。

当沙勿略离开果阿去日本的时候，他勉强同意保留沙勿略在学院内的职务，当1522年沙勿略从日本回到果阿时，戈梅斯被耶稣会劝退。

1554年他回欧洲向罗耀拉申诉他的案件，死于他所乘坐的“圣本笃”号(SáoBento)船的海难;(二)卡梅托(PauloCarmerto)，生平不详。

(三)克里米那尔(AntonioCriminal)，1520年出生于意大利中北部的帕尔玛(Parma)，1542年进入耶稣会，1545年航行来到印度，1549年在Vêdalai村殉道;(四)兰斯罗托(NicolauLancelloto)，1541年或1542年加入耶稣会，1542年至1544年在科因布拉学习，几年以后航行来到印度。

1558年4月7日死于奎隆;(五)西普里阿诺(AlonsoCipriano)，1483年至1488年间出生在西班牙，1540年在罗马加入耶稣会，以后到葡萄牙从事传教工作达4年之久。

最初来东方时被沙勿略派往在今也门的索科特拉岛(Socotra)从事传教工作，当时那里有许多基督徒。

后回到果阿，1559年死于圣多美(SáoTome)。圣保禄学院分为几个单位:(一)耶稣会士们的会院;(二)学院管理办公室;(三)学院的主要培训设施。

不久又增加了一所孤儿院、一所望教友初学院以及一所见习修士住院，还在附近开办了一所医院。

有3名耶稣会士负责学院的工作:一名修士担任学监、一名经院哲学家担任年级长、一名神父担任院长。

他们都是由耶稣会印度会省任命的。开办之初，学院的领导人之间就出现分歧。

第一任院长戈梅斯将所有本地学生都清除出去，代之以居住在果阿的葡萄牙人的子弟，他想将这所学院建成葡萄牙本国科因布拉大学在亚洲的翻版。

但是，沙勿略坚决否定了这种做法，认为这样做是违背耶稣会接管这所学院的宗旨的。

他将戈梅斯开除出耶稣会，继续贯彻培养亚洲本地神学生的政策。圣保禄学院的学生分成两个班。

第一个班约有100名学生，教授他们基础的教理;一些更有前途的学生约72名，升入另外一个班，他们要学习拉丁语、音乐、哲学以及神学。

在闲暇时，他们还要外出探访教会，为病人提供服务，参加穷人的葬礼以及教授信徒教理问答。

还有一些不适应更高层次学习的学生则被退学，或被雇佣去做其他适合他们能力的事情。

根据卢塞那(Lucena)神父的叙述，这座学院在管理精良、建筑物的庞大、教职员工的勤勉与高效以及教学质量各个方面均足堪与欧洲最好的耶稣会学院相比美。

这所学院成为耶稣会在印度最重要的文化教育机构，在沙勿略来到该学院以后，约有300名学生。

耶稣会尽可能精确地将天主教的信条以及科学和艺术的知识教授给学生，全印度的人都称他们为使徒保罗的学生(Paulistas)。

1556年果阿圣保禄学院有111名学生，他们来自不同的国家和地区:其中有11名是出生于欧洲的葡萄牙人，有10名是生于亚洲但父母是白种人的葡萄牙人的孩子，15名欧亚混血儿，13名原先属于圣·多默基督徒的马拉巴人，21名果阿本地的加纳利(Canarins)人，5名中国人，5名孟加拉人，2名缅甸人，3名来自东非沿海地区的班图族人，1名古吉拉特人，1名亚美尼亚人，5名摩尔人，6名埃塞俄比亚人，还有5名来自德干高原苏丹国家的男孩，这是一个完全意义上的跨种族的学校。

这座学校接受学生的年龄不小于13岁，不超过15岁。

学生除了接受上述的拉丁语以及神学教育以外，他们每周也要按各自民族组成不同的小组练习自己本国的语言和文字，这样他们可以保持流畅使用自己本民族语言文字。

非欧洲人一直要到25岁才有可能毕业晋升为教区的神父。在1555—1556年间，圣保禄学院开始分科教学，并因此被认为是一所高等学府。

除了上面提到的基础班以外，它还有高级班从事人文研究，课程3年，以拉丁语为主课，有语法课程，还要阅读古罗马西塞罗(MarcusTulliusCicero，106—43B.C.)、维吉尔(PubliusVergiliusMaro，70—19B.C.)和奥维德(PubliusOvidiusNaso，43B.C.—14.A.D.)等名家的作品。

1563年，高级班有200名学生，分设在3个班级里面，所开设的除了以上的拉丁文古典课程外，还有哲学和神学，主要学习亚里士多德的哲学著作和托马斯·阿奎那的神学著作。

学生们还要学习辩论术、修辞学以及戏剧等。

学院还根据学生将来的传教需要设计了一些课程，如如何处理良心案件、培养良好的习惯以及理解信仰的神秘性并如何解释它，还要学习教会的礼仪。

学院非常强调学习本地语言，他们每天要两次背诵本地语言中的词汇，学生们会根据各自不同的国籍以及语言发音习惯分成不同的组别进行训练。

总之，这些课程完全模仿欧洲的耶稣会学院，拉丁语和神学教育是最受注重的。

1568年，学院人数猛增至3000人，由88名耶稣会神父担任教师。不久以后，学院的学生人数有所下降。

1578年，登记注册的学生人数为900人，初级班有700名葡萄牙男孩，他们学习阅读、写作、算数和教理问答，这个班级的人数最多;再上一个年级的班则学习人文学班，有150来自其他地方的同学和13名耶稣会学生;更高的一个年级则是哲学班，有19名耶稣会士和一些外来的学生。

当时学院并不平静，因为葡萄牙军队正与比贾普苏丹(SudanofBijapur)打仗，同时也因为果阿瘟疫流行，学院当时将一部分学生转移到了科钦的耶稣会神学院。

最高级的神学班中只有20名学生，全部都是耶稣会士。

另一个统计则是:从1556年至1607年，果阿圣保禄学院的学生从110名增加至2000人以上，它无疑是耶稣会在葡萄牙海洋帝国中最大的教育机构，学生来自非洲东部以及亚洲各地不同的地区，能够讲13种不同的语言，如同今日的国际联合学院(UnitedWorldCollege)。

果阿圣保禄学院的教授全部由耶稣会士担任，他们耐心细致地培养信仰正统并富有学问的基督徒，人们称这里的毕业生为保禄主义者。

他们除了听课以外，还要参加学院教堂和修会教堂举行的弥撒，协助由仁慈堂的成员为穷人举办的葬礼和修会及教区的宗教游行，陪同神父和修士远足朝圣，向信徒解释信条和神迹。

在灵修方面，他们每天要有一个半小时默念祈祷文，或者在口头念诵祈祷文以及玫瑰经，在晚上还要反复念诵连祷文以及良心检查;每个月还要办一次告解并领一次圣餐。

学生们还要参加在果阿城外乡村的传教活动，回城时他们分组步行，每一组中都由当地的男孩领路，一边走路，一边唱着圣诗或念着经文，以嘹亮的歌声走遍果阿城内的大街小巷，引来无数人群的围观，这是非常有效的传教活动。

每个星期天傍晚，学生们还要按班级分成小组，跟随老师和其他耶稣会士，带着十字架和旗帜，握着蜡烛、唱着圣歌，一路游行，来到耶稣会在果阿最大的好耶稣教堂(ChurchofBomJesus)举行崇拜活动。

在果阿当局于1560年代以后推行的强迫性的宗教该宗运动中，学院的学生也大规模地参与其间，到果阿附近大大小小的乡村布道传教。

只要接受了充分的宗教训练并考试合格，25岁以后的本地学生就有可能被祝圣为神父，他们会回到自己的国家从事传教工作并主持圣事。

当他们回国的时候，学院还会发给他们充足的衣服以及其他必需品。他们还会带有总督以及主教的推荐信。

第一批被祝圣为神父的3名神学生来自印度的土提科林(Tuticorin)，他们曾经陪伴沙勿略前往渔夫海岸(FisheryCoast)从事传教工作，充当他的译员。

根据沙勿略于1544年12月致曼西利亚(Mansilhas)的信，他们中的两位，即曼努埃尔修士(Frs.Manuel)以及卡斯巴修士(Frs.Gaspar)已经被祝圣为神父，另外一名科埃略修士(FranciscoCoelho)可能在更早的时间已经被祝圣为神父。

圣保禄学院1556年以后还设有自己的印刷所，沙勿略编纂的《教理问答》以及加西亚达·奥塔(GarciadaOrta，1501—1568)的医学书都是在这里印刷出版的。