清同治三年六月十六日（公元1864年7月19日），曾国荃部湘军吉字营用穴地填埋炸药法轰开天京（今南京） 太平门，天京陷落。天京失陷，意味着历时15年的太平天国也随之覆亡。

在两年多残酷血腥的天京之战中，李秀成的数十万苏浙太平军几乎全军覆没，到天京城破时，全城仅剩的3万多军民也几乎被杀戮殆尽，李秀成率千余亲信将士易装保护幼天王洪天贵福（洪福瑱）趁乱从缺口混出城去。出城不久，李秀成与幼主被乱军冲散。幼天王经句容、溧水，辗转至安徽广德，与干王洪仁玕会合；李秀成则往东南方向逃去。

李秀成到南京东南的方山时，因身上所系昂贵配饰被村民陶某某兄弟识破抓获，押送到湘军提督萧孚泗处。曾国荃将他囚禁了9天，由曾国藩亲自提审，留下4万字供状《李秀成自述》后，旋被曾氏兄弟处死。

1864年11月 ，幼天王洪天贵福在江西石城杨家牌被左宗棠系楚军将领席宝田、王开琳擒获，护送他的8部太平军余党溃散，11月18日，洪天贵福在南昌被江西巡抚沈葆桢凌迟处决，年16岁。从石城突围而走的干王洪仁玕在江西广昌被清军抓获，旋即押送南昌，11月23日，被赣抚沈葆桢处以刮刑，年43岁。

太平天国灭亡后，仍有40万左右的太平军余部因未参与天京之战而得以成建制完整保留。天京虽然沦陷，天国已不存在，但太平天国运动的火焰并未就此彻底熄灭，仍然在大江南北继续燃烧。

长江以南的太平军以侍王李世贤部为主，拥众十余万，后到福建扩充至20余万；康王汪海洋所率的军队转战南方数省，也是太平军的一支重要力量，拥兵十余万；另外还有来王陆顺德部数万人在广东坚持作战；活跃于河南、安徽 、湖北的扶王陈得才部以及远征陕西的遵王赖文光部（与北方的捻军联合）规模更大，闹出的动静也大，持续的时间也更长。

李秀成的堂弟、侍王李世贤是太平军余部中最众望所归的领导人物。他所率的十余万人马是太平军剩余力量中绝对的主力，转战于南方的赣、闽、粤三省。

1864年10月，李世贤率部跋涉崇山峻岭与湍急河流，从江西捣入福建，并一举攻占闽南重镇漳州。李世贤在漳州招兵买马，还裹挟了大批丁壮参军，兵力渐渐壮大起来，号称20万（实际人数10余万）。

清廷害怕天国死灰复燃，派闽浙总督左宗棠率麾下楚军，新封一等肃毅伯李鸿章率领器械精良的淮军前去镇压。在外籍雇佣军和清军的联合围剿下，李世贤虽也取得过歼灭4000楚军的大胜，毕竟独木难支，遂撤出福建，退至广东，欲与康王汪海洋部会合联手作战。

王海洋部也是太平残军中一支颇具实力的重要力量。但他心胸促狭，并不欢迎大名鼎鼎的李世贤，一是忌惮他威望卓著，具有强大号召力，怕他兼并自己的军队，二是他曾经杀害前来投靠的李世贤的族叔李元茂，怕自己从前的阴谋与丑事暴露，于是假意迎接侍王，暗中磨刀霍霍。8月23日，汪海洋带几个心腹摸进李世贤卧室，刺死了酣睡中的李世贤。

在广东继续作战的来王陆顺德，因为被叛徒林正扬出卖而被清军擒斩，所部全部覆灭。

汪海洋杀死了李世贤，更加势单力孤， 1865年1月在与楚军、淮军的作战中被炮弹炸伤，不久伤重而死。同年2月，在清军的围攻下，汪部太平军全军覆没。

1864年5月，扶王陈得才部西北太平军约20万兵马在安徽霍山被科尔沁亲王僧格林沁大军挫败。随后，陈得才麾下天将马融和、倪隆怀率7万将士向僧格林沁投降；没过多久，陈得才部将范立川、陈汉太又率11万将士投降安徽皋司英翰。已成“光杆司令”的陈得才绝望地看着部下接二连三降清，却无力阻拦，遂服毒自杀。

另一位两年前和陈得才一起奉命远征西北的遵王赖文光，却联合了北方捻军，在安徽、山东、陕西、江苏北部继续坚持抗清，坚持到1868年才被清军彻底镇压下去。

南方太平军将领、偕王谭体元坚持到最后一刻

谭体元，广西象州人。初参加金田暴动，随太平军北上。隶翼王石达开部。天京变乱后，于1857年随石达开离京出走，后又随石离开安徽安庆，在外独立作战。

随石达开经安徽、浙江、福建、江西、湖北、湖南，转战数省，屡屡受挫，遂南进广西，被石达开封为钦天豫（爵位）。

1860年，部分将领因屡战屡败，对前途产生悲观情绪，对石达开产生怀疑， 遂与石分道扬镳。谭体元与傅忠信、朱衣点、吉文元、彭大顺等翼王部将率十余万精兵（一说20万）从广西宜州“万里归朝”，谭体元部途经湖南，会合汪海洋部进入江西。12月，谭体元率部攻占德兴，再克安徽婺源（后划入江西），旋即往东投奔侍王李世贤，随李世贤转战江西、浙江等地。

1862年，被授予主将职衔。4月，奉命进援遂昌，被湘军击退。随后退往汤溪。积功被天朝封为偕王。

1864年7月，天京沦陷，天朝灭亡。8月，偕王谭体元会同干王洪仁玕、堵王黄文金等8部太平军护送幼天王洪天贵福从安徽广德走宁国县，欲往江西投奔侍王李世贤。谭体元率部南进浙江，又入江西，至石城杨家牌与主力会合，不料遭楚军席宝田部伏击，8部太平军溃散，幼天王洪天贵福被清军俘虏，谭体元率部突围而走。

脱险后的谭体元率部归附康王汪海洋，随其经宁都、瑞金入福建，袭占福建汀州（长汀）。12月，谭体元率部与左宗棠部楚军激战于汀州、上杭、连城之间，大破之，歼灭楚军4000余人。1865年3月，因楚军、淮军联合进剿， 作战失利的谭体元部南走上杭、永定。

同年5月，在清军的围追堵截下，谭体元随汪海洋部退入广东大埔（今茶阳），旋即折返福建，在福建永定狮龙岭遭遇左宗棠部楚军的伏击，激战中，太平军死伤颇重，失利后退往上杭、武平，随即入广东境，占领镇平、平远（今蕉岭、仁居）。随后，汪海洋刺死兵败来投的侍王李世贤，兼并李世贤余部。12月，汪海洋率军进攻嘉应州（今广东梅州市） ，谭体元部打先锋，一举攻克嘉应州。

1866年2月初，楚军、淮军大举来袭，康王汪海洋战死，谭体元代领其众。2月7日，谭体元率军弃城而走，行至黄沙嶂迷了路。谭体元率太平军余党在黄沙嶂一带兜兜转转，耽搁了不少时间。2月9日，清军大举追至，谭体元督军拼死还击，激战中，太平军死伤惨重，谭体元力战不支，突围时力竭跳崖而死。还有文献记载，谭体元是被清军擒获后惨遭杀害的。谭体元死后，南方的20余万太平军余部全部覆灭。

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