天津工业生物所部署超20个云端应用 助力合成生物领域发展

　　为推动开展生物计算设计研发工作，助力合成生物领域科研探索，日前，中国科学院天津工业生物技术研究所（以下简称“天津工业生物所”）与亚马逊云科技联合在津举办“生物计算设计”沟通会。从会上了解到，该研究所生物设计中心已部署了超过20个云端应用，包括全球首个基于图数据库Amazon Neptune的大肠杆菌调控代谢关系知识图谱ERMer，首次提供了全局的代谢调控图谱，通过可视化框架实现了丰富的搜索功能，如深度交互式检索、最短调控链路搜索等。ERMer打破了传统的低效数据检索方式，有效增强用户和图谱的人机交互，大大降低了使用门槛。

　　天津工业生物所是中国合成生物学领域的核心力量，由中国科学院和天津市人民政府共建，牵头组织承担了多项合成生物学、绿色生物制造等重点研发计划任务。2019年，天津工业生物所成立了生物设计中心平台实验室，其定位是围绕工程菌株的设计、构建、筛选、解析等多个环节，以工业生物大数据为基础，开发核心的数据库、算法和工具，发展生物元件设计、途径设计和细胞模型构建的一些新方法、新技术、新理论。

　　“生物设计中心一直在探索通过各种不同的方式来推动研究，2019年左右，生物设计中心开始关注到云计算在工业生物设计领域的应用。”中国科学院天津工业生物技术研究所生物设计中心副主任廖小平说，“当时刚成立不久，我们面临着团队规模小、开发人员数量少的情况，同时又需要兼顾多个应用场景、开发不同的应用需求，并且可能同时会需要开发好几个任务。在此需求的牵引下，生物设计中心开始尝试从基于服务器端的开发模式，转向云原生的开发模式。”

　　经过近些年来的探索，借助云上力量，大大提升了生物设计中心科研业务的效率。据介绍，从2019年至今，生物设计中心在云上已部署了超过20个云端应用。云原生的开发方式较传统方式大幅缩短开发时间，总体运行成本大幅降低，使得团队可以专注于业务代码和创新。

　　廖小平说，“通过与亚马逊云科技的通力合作，现在打通了一系列不同的云上应用开发方式，包括纯分析类的、面向用户的工具/网站平台开发等等；最近几年，已经围绕工业生物设计里面的不同子领域做了相当多的工作，比如序列设计、知识图谱构建、分析平台开发、数据库开发等，很多研究成果都已经公开发表。未来希望将现实的生物技术与海量的计算能力、人工智能相结合，为领域带来更大的突破。”

津云新闻记者 田巧梅