15世纪初期，位于东北亚的女真族大致分成三部分，其中以建州女真最为强大。建州女真源自于辽金时代生女真完颜部的附属五国部，居于牡丹江与松花江汇流地方，在元代组成为五个女真万户府，元末因受野人女真及朝鲜滋扰不断，以及明朝的招抚等因素，其残余部族选择归附明朝。明朝将其部迁至原渤海地（今绥芬河流域）设置为他们新的聚居地。

1403年明朝依据原渤海建州的地名称呼为建州女真，并设置了卫所这一地方军事行政机构，册封阿哈出（赐名李承善）为建州卫指挥使，猛哥帖木儿为建州卫左都督。其后1416年又建立建州左卫，以猛哥帖木儿为指挥使，并赐姓童。建州卫早期归属奴儿干都司，奴儿干都司废除后改属辽东都司。

猛哥帖木儿在被野人女真所杀后，其弟凡察与子董山被迫率众南移，最后定居赫图阿拉（今辽宁新宾），并入建州卫内。1442年，明朝又从建州左卫分立出右卫，以凡察领导右卫、董山领导左卫，形成建州三卫，三卫首领也是世袭制，但须经明朝政府认可后方生效。

明朝后金对峙图与关宁锦防线

由于建州三卫对明朝过度干预女真产生不满，因而逐渐不遵守朝廷命令。而此时女真各部也因嫌隙已四分五裂。1467年明朝联合朝鲜削弱建州三卫（即成化犁庭），并且于辽东边界兴建长城。明朝万历初年，董山的后代觉昌安与其子塔克世偕同明朝辽东总兵李成梁，以建州右卫王杲叛乱为由攻灭王杲与其子阿台，然而觉昌安同其子塔克世在入城劝降叛明的阿台时发生混战，觉昌安父子也在混战中被明军误杀死亡。1586年明廷袭封塔克世之子努尔哈赤为指挥使，世袭建州卫作为补偿。

努尔哈赤深觉被明朝背叛，以祖、父遗留的十三副遗甲崛起，统一建州女真后陆续并吞女真各部，并与漠南蒙古友好。

建州女真势力日盛，1595年明朝授予努尔哈赤龙虎将军的称号，其势力更加强大。1603年努尔哈赤在赫图阿拉筑城，两年后致辽抚赵楫、总兵李成梁的呈文中说：我努尔哈赤收管我建州国之人，看守朝廷九百五十余里边疆，以守疆名义索要更高权利，地位仍与过去相同，声势则已不同以往。一直到1616年，努尔哈赤在建立八旗制度后于赫图阿拉（后称兴京）称汗立国，即后金汗国。两年后他以“七大恨”为由起兵反明。檄文中俨然以北朝自居。努尔哈赤在1619年的萨尔浒之战中，击败杨镐指挥的明军、朝鲜与叶赫联军。接连占领沈阳、辽阳、抚顺等辽东城市，战无不胜的他更坚定了入主中原之志，随后战事集中于辽西地区。1626年，在与明袁崇焕交战的宁远战役中受挫，数月后逝世。第八子皇太极历经权力斗争后继位。

皇太极即位之后，针对努尔哈赤时期的社会矛盾进行一系列改革，史称“天聪新政”。皇太极改文馆为内国史院、内秘书院、内弘文院，这是清朝内阁的雏形。还继续完善和扩大蒙古八旗、汉军八旗，设立理藩院管辖蒙古等地事务。1634年，将都城沈阳易名“盛京”，更改“女真”族名为满洲。1635年，多尔衮于征伐漠南蒙古时，声称得到元顺帝离开中原时带走的传国玉玺，皇太极亲率其子与诸官出城迎接，拜天行礼。

1636年，漠南诸部尊皇太极为“博格达彻辰汗”，皇太极在盛京称帝，改年号为崇德，改国号为大清。当时明朝在关外的势力尚有袁崇焕守备的锦州、宁远与松山等三城。皇太极为绕道避开此防线，首先稳定根据地。他先胁迫明朝求和未果，随后成功降伏西边蒙古察哈尔部和东边朝鲜。接着，皇太极经察哈尔绕道入侵明朝首都北京。最后崇祯帝（有人认为他中了反间计），处决援救北京的袁崇焕，史称己巳之变。这种借由绕道入侵的做法后来又执行五次，与明朝内部的流寇一同消耗明朝的经济力。1642年，清军于松锦之战击溃明军并收降洪承畴等人，夺取明朝在关外的所有堡垒，明朝防线移至山海关及长城沿线。1643年皇太极病死，第九子福临继位，是为顺治帝，由其叔多尔衮摄政。

统一全国

明朝崇祯末年，民变势力（史称“流寇”）如李自成于陕西西安建立大顺，张献忠于四川成都建立大西。1644年李自成经河南、山西顺利地攻入北京，明思宗在煤山上吊自杀，明亡。同年山海关守将吴三桂不愿投降大顺。面对李自成的顺军，吴三桂引清兵入关，于一片石战役击败顺军，史称甲申之变。李自成放弃北京，率军退回陕西。清朝摄政王多尔衮成功迎顺治帝入关，顺治在北京天坛圆丘行祭天之礼，祝文宣布受天命、建王朝，名称仍用大清国号，并将首都迁到北京。同一时间，明朝马士英拥护福王在明朝陪都南京应天府称帝，即弘光帝，南明成立。然而弘光朝因为党争与宦官之乱而混乱分裂。

摄政王多尔衮像

多尔衮先派阿济格、吴三桂与多铎、孔有德分陕北、河南二路攻打陕西李自成，李自成最后于湖北灭亡；派豪格攻灭四川张献忠，其余部投降南明以抗清。多尔衮接着对付位于江南、内斗分裂的南明诸势力。1645年，多铎率清军攻破史可法驻守的扬州，弘光帝逃至芜湖被逮，送到北京杀害。明朝鲁王朱以海与唐王隆武帝分别在浙江与福建建立势力，然而双方不和，不久被清军各个击破，拥护隆武帝的郑芝龙也宣布投降。之后桂王于广东的肇庆即位为永历帝，期间瞿式耜、李定国、郑成功及其他明将先后收复华南各省，最后因为距离互相难以照应，内部又发生叛变而节节败退。

1661年，清军攻入云南，逃亡缅甸的永历帝最后被吴三桂杀死，南明亡。此时只剩下台湾的明郑（郑成功势力）和缅甸果敢的明军，清朝基本占领明朝全部领地。由于华南反清势力较大，清帝册封吴三桂、耿仲明与尚可喜为王以镇守云南、广东与福建等地，史称三藩。

多尔衮在清军攻入关内后推行剃发易服政策，导致关内汉人对清廷态度骤变，甚至极力反抗，如入关之初，严禁杀掠，故中原人士无不悦服，及有剃头之举，民皆愤怒，或见我人泣而言曰，我以何罪独为此剃头乎？，而明朝官员左懋第亦言我头可断、发不可断，我早办一死矣。清军对反抗者进行镇压，重要事件如扬州十日、嘉定三屠与庚寅之劫等。清廷制定的圈地和投充政策使人民放弃土地，增加更多流民。为此又制定严禁奴仆逃亡的逃人法，激化京畿地区的民族与阶层矛盾。

但后续清廷下令停止这些政策，并实行奖励垦荒的政策。并且正式开科取士，追尊崇祯帝与明朝忠臣。

1661年，顺治帝英年早逝，其子8岁的玄烨即位，即康熙帝，由索尼、遏必隆、苏克萨哈与鳌拜四大臣辅政。康熙帝于继位之初即运用计谋消灭跋扈的权臣鳌拜以稳固皇权。三藩势力如吴三桂、耿精忠与尚之信等涵盖全国之半，他们先后请求撤藩以试探清廷。当时部分大臣担忧三藩叛变而反对。最后，孝庄太皇太后与康熙帝无惧三藩而同意撤除。这使得三藩与陕西王辅臣、广西孙延龄与台湾明郑的郑经联合发动三藩之乱。在这九年期间，反清势力遍及华中、华南，吴三桂更于后期称帝建国周。然而清军采取积极防御，进军陕西、江西以切割叛军。加上吴三桂没有积极北伐，反清联军因占领地与吴三桂过度干涉而发生纠纷，最后王辅臣、耿继忠与尚之信先后投降，占领福建沿岸的郑经被击败。

1681年清军攻入云南，继承吴三桂之位的吴世璠在昆明自杀，三藩之乱最终在1681年被完全扑灭，国家遭受较大的损失，在四川、云南以及江西等地有不少人被杀害，从许多记载来看，在三藩之乱时，清军，叛军，土匪等曾造成屠杀平民事件，不仅仅在川滇，其他相关地区也遭受类似的厄运，比如江西百姓遭受屠戮的数量就不少，剿洗，玉石难分，老幼死于锋镝，妇子悉为俘囚，白骨遍野，民无噍类。同年，郑经之子郑克塽继位，明郑因内乱不断导致不少将领降清。清朝派明郑降将施琅率领水师攻打台湾。施琅占领澎湖，逼近东宁（今台湾台南），郑克塽率领大臣降清，至此明郑亡。