肾上皮细胞单细胞亚群

肾癌单细胞数据集也有十多个了，拿到表达量矩阵后的第一层次降维聚类分群通常是：

• immune (CD45+,PTPRC),
• epithelial/cancer (EpCAM+,EPCAM),
• stromal (CD10+,MME,fibo or CD31+,PECAM1,endo)

参考我前面介绍过 CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则，这3大单细胞亚群构成了肿瘤免疫微环境的复杂。比如 Genome Biology (2022) 的文章《Decoding the multicellular ecosystem of vena caval tumor thrombus in clear cell renal cell carcinoma by single‐cell RNA sequencing》，就是如此：

第一层次降维聚类分群

绝大部分文章都是抓住免疫细胞亚群进行细分，包括淋巴系（T,B,NK细胞）和髓系（单核，树突，巨噬，粒细胞）的两大类作为第二次细分亚群。但是也有不少文章是抓住stromal 里面的fibo 和endo进行细分，并且编造生物学故事的。

反而是上皮细胞，大家很少涉及到，但是肾癌既然是来源于肾这样的组织， 它的上皮细胞就不可能是一个纯粹的上皮，理论上是可以细分的。上面的这个文章其实也接下来部分细分，如下所示：

上皮细胞的部分细分

但是还远远不够，我参考两个肾脏单细胞文章整理了一下基因列表，希望对你有帮助。

首先是2019的一篇 PNAS 文章：《 The single-cell transcriptomic landscape of early human diabetic nephropathy 》如下所示：

2019的一篇 PNAS 文章

然后是2021的NC的文章：《Single cell transcriptional and chromatin accessibility profiling redefine cellular heterogeneity in the adult human kidney》，如下所示：

2021的NC的文章

有了这两个文章的基因列表，很容易写代码给其它肾脏相关疾病单细胞转录组项目进行实战：

cg1=c('SLC34A1','LRP2','HAVCR1','CFH','SLC12A1','SLC12A3','SLC8A1','AQP2','SLC26A7','SLC26A4','NPHS2','EMCN','PIEZO2','COL1A2','PTPRC')
p <- DotPlot(sce.all, features = unique(cg1),
             assay='RNA'  )  + coord_flip()

p 
ggsave('check_GSE151302_markers.pdf' )


cg2=c('CUBN','LRP2','SLC34A1','SLC5A12','SLC5A2','ALDOB','CFH','SLC12A1','SLC12A3','SLC12A2','SLC8A1','AQP2','AQP6','SLC26A4','ATP6V0D2','NPHS1','NPHS2','PECAM1','FLT1','PDGFRB','PTPRC')
p <- DotPlot(sce.all, features = unique(cg2),
             assay='RNA'  )  + coord_flip()

p 
ggsave('check_GSE131882_markers.pdf' )