猴痘病毒基因2001至2022变异研究报告

猴痘病毒基因变异研究报告

赵盛烨，DOI：10.6084/m9.figshare.19835908

1 数据样本

研究选取两个数据样本，均来自NCBI数据库的猴痘病毒分组，样本1为2001年采样，2020年得出的测序结果，样本2为2022年5月20日采样并测序的结果，对应的基因编号分别是GenBank: MN702453.1、GenBank: ON563414.1，DNA长度分别是189632 bp、197128 bp。

样本1链接：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN702453

样本2链接：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ON563414

样本1截图： 样本2截图：

2 方法过程

第1步，提取两个样本的完整DNA测序结果；

第2步，使用BLAST工具对两个基因序列进行对比，工具地址：

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&PROG_DEF=blastn&BLAST_PROG_DEF=blastn&BLAST_SPEC=GlobalAln&LINK_LOC=BlastHomeLink

第3步，寻找对比结果中样本2比样本1多出的基因序列，阈值为20个碱基以上连续不同，并保存；

第4步，对多出的几部分基因序列进行研究，通过核苷酸序列查询对应的蛋白质构成，工具地址：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi

第5步，分析蛋白质性质和功能，得出结论。截图：

3 结论

样本2与样本1相比，有多达数十处碱基不同，低于本实验阈值的更可能是自然变异，高于阈值的可能是重组变异也可能是在病毒GOF研究时依靠引物进行的人工插入，在此列出可能性，没有足够证据做定性。

阈值以上，共有5段完整的基因序列，与其序列对应的蛋白质有9种，其中包括2种对人体较危险的蛋白质，编号为cl00473、cl22855，此两种蛋白已被证明会导致广泛的病理状况，包括自身免疫性疾病、炎症、癌症和病毒感染。

因此的，5段完整的插入基因表明，本次在世界范围内流行的猴痘病毒与早期猴痘病毒相比，有更强的致癌风险，即便患者没有在发病期间死亡，依然有可能在随后患癌死亡。

附件1 样本1完整基因

完整版参见DOI：https://doi.org/10.6084/m9.figshare.19835908

附件2 样本2完整基因

完整版参见DOI：https://doi.org/10.6084/m9.figshare.19835908

附件3 样本1与样本2对比差异

完整版参见DOI：https://doi.org/10.6084/m9.figshare.19835908

附件4 阈值以上基因序列

新增基因：

TAACTAACTTATGACTTAACTAACTTATGACTTAACTAACTTATGACTTAACTAACTTATGACTTAACTAACTTATGACTTAACTAACTTATGACTTAACTAACTTATGACTTAACTAACTTATGACT

AATTTCAGTATATTCTTCGCCGTTATAAAAGTAATGTTGTTTAATTGTAGGACGGTTGTTAGTATAATCACATGAATAATAATATTCTAATTCCTCGTATTGACTACTTACAGATACTCGAAATAGTCTGAAAAATTCTTCAAAGATATTTTTATAAAGATCTAGGAAAAGTTTATTACCGACCATGAACGAGATAGATGGATAAATATCCTTTCCATCAAAGGTCATAATTGGATAATTGTCCAGCAATATATCTGCTGTATTAGTTATATCACTTCCATTTATTTTCAGATTGAAGTAATGTACTAGTTTGTGACAATTAACAAGATACAAAAGAGATGCCGATACTAATACGTAAATAGCTATACGCGAATCCATTGTTACCTTTTTTTATTTCATAGGTCTATTAATAAATATATGTATTACTTAAGACTAGAAAAATCAAAAGTGAGTTTTTGATATTTGATTCTTACTTATTGTGGGATTGTAGTTTACTTAGTAATTCATCTCTGAATCCTGATAAATCATGCATATCAATGATGCAACTACGCAGCAAACTAGTAGGAATATAGATATCTGGATATGTACGTAAATAGTCGATTATATCTTTTACAATACTATTAGTCCCTATTGCGTTATCTATATATCCATTAATAATATTACACAGTGGATACTTATGAGAAATATACCTCTTACAGATTTTTAACGATATATAATCTAGAAAGATATGTGTGTAGTACTGTATTACCTAAATTATCAGTCTCATTCAAATATTGCATGACTATTATCGAGAATTGCTATATCCCTCTATACTCGATGCATTTATTACAGTAATTCAATCCAGCTAACATAAGAGCCAATCTCAATGTTGGTTTAATTATATCATCTTCATGTAATAATAACGATGGAAACTTTCCAGTAGCGTAACACTTATCTAAGAAGGATATAATAACTATGTCTACATTATGTCTCTTATCGAGAATATTCTTAACGAGATATCCATAGCTATTCTGGTGCTAATTATTCCTATATTATATTCCACGAAAAATGATGAAGGCAATCATTCATCATAAGATGATAAAAAGTGTAGTGAGTAAGAGTATTAGTGAGAGAGCATGAAGGAGATTTAGTATTTAGCAGTGAGGATATGATCCAAGAGGGTGAGATAGTCGTTCTCGTTCAGAATCTTTCGCAGCATAAGTAGTATGTCGATATACTTATCATTGAAGACTCTTCCAGTGACAATAGCTGATTGAGTACAAAGTCCAATTATTGCACAAAGTTCTTTGGCGGTTTTCATGGAGTCATTTCTGATGAAACATTTAATGATCTCCACGCAATTGTCGATATTGTCCCACGGAAGTGAATCCGAGAACTCCTTCAACTCGCTACCAAATAGCTCCATTGCATCAATTCTGAAAGAGATGAGAAGCCTGTAGAGAGGCCCTGCGCTTTCTCTATGGGTCCATCTATGAGAAACCCACAGGATGTATTCAGTCAGACAATGTCTGACATCAGTCACGGTATTCAGGGAGTCCTTAGTAGCGTGGCAATGACAGGGACTGAACTGGGCACAAGGAGAGGCCATTGTGAAGGTAGACGAAGGTAACCTGATGGTAGACCTGTAGCCGTCTGTGCTTAATAGAGGGCTTTAATTTCCATTTTTAATGGTGTCGTGAATGAGGAATGAGAGTGTCTCTCGTCCTTGGTTTACATGGATCAGAGTGAGAAAAAATATCTTGTATATTATTAACTAACAACCTTGGTTTCTATCCATGTTTAAAAAATGACCTATATGTTCTTTATTAATTCTATTTTAAACTTTATCCTCAAGACTCCTGACAAAATTAAAATCCAGAAAGCAGCAAACAATCCTGTTACAAGTTTACTGAAATCTCTCTTTGATTGTAGAGTATATGTAGTCAGAGCAAGAAACACTGCAGTAGTCAACATGAAAGCTTGCATAACGATACGTGCATCATAGAAAGTAACAACAGAGGCCAGCGTTAGAGATTCTAACAGTGTAAATCCACAAAGTATGTACAGATTCAGGGGATGTTCATGTCTGTGTAAAGTCAATGCGAAAATCAAGCCTATAGATCCGAACATTGATGCCAATATTAGAACAGGACTCCCTTGTATAAATGTCCGATGCATTCAAAGTATAAAAATACTGCAGCTGTTGCCGTTGTTAAAGGAAATTGTAGAAAGGATACCGTAGACTTTTCTTAGAAATGCCATTCGTATGTACACGCTGGCAGACGCCACCGAGCTGTCATAGTTGAAGTCGTCCTCGATA

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附件5 两种致癌蛋白质

蛋白1：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?ascbin=8&maxaln=10&seltype=2&uid=cl22855

蛋白2：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?ascbin=8&maxaln=10&seltype=2&uid=cl00473