现在你已经有了 Nuitka 打包的单二进制 版本，我们可以在这个基础上做两步优化：

1. strip：去掉二进制里的符号表和调试信息，减小体积，也不容易被逆向分析。
2. upx 压缩：用 UPX 压缩二进制，进一步缩小体积，还能增加逆向难度。

Dockerfile（Nuitka + strip + upx）

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# 构建阶段
# ===============================
FROM python:3.12-slim as builder

WORKDIR /app

ENV PYTHONUNBUFFERED=1 \
    PIP_NO_CACHE_DIR=1 \
    PIP_DISABLE_PIP_VERSION_CHECK=1

# 安装编译工具 & upx
RUN apt-get update && apt-get install -y \
    gcc g++ build-essential patchelf upx \
    default-libmysqlclient-dev pkg-config python3-dev \
    && rm -rf /var/lib/apt/lists/*

# 安装 Nuitka
COPY requirements.txt .
RUN pip install --no-cache-dir -r requirements.txt \
    && pip install nuitka ordered-set zstandard

# 复制源码
COPY . .

# 使用 Nuitka 编译
RUN nuitka --standalone --onefile \
    --python-flag=no_site \
    --output-filename=app \
    main.py

# strip 去掉符号信息
RUN strip /app/app

# upx 压缩
RUN upx --best --lzma /app/app

# ===============================
# 运行阶段
# ===============================
FROM debian:bookworm-slim

WORKDIR /app

# 拷贝最终产物
COPY --from=builder /app/app /app/app
COPY --from=builder /app/app.dist /app/app.dist

# 创建非 root 用户
RUN useradd --create-home --shell /bin/bash app \
    && chown -R app:app /app
USER app

# 健康检查
HEALTHCHECK --interval=30s --timeout=10s --start-period=5s --retries=3 \
    CMD /app/app --version || exit 1

# 启动应用
CMD ["/app/app"]

效果

1. 源码彻底消失 → 没有 .py 文件
2. 二进制瘦身 → strip 去掉符号，体积下降
3. UPX 压缩 → 体积再缩减，反编难度更高
4. 举例：一个 50MB 的 Nuitka 可执行文件，可能被压缩到 10MB 左右

构建 & 验证

docker build -t myapp:nuitka-secure .
docker run --rm myapp:nuitka-secure

⚠️ 小提示：

• UPX 压缩 有时会导致 杀毒软件误报（它以为是木马加壳 ）。如果你要分发到严格环境，可以保留 strip，但跳过 upx。
• 如果你的程序依赖比较多（比如 numpy, pandas），UPX 压缩效果可能有限，但仍能增强安全性。